纯化标记好的探针。在有些时候，纯化后的探针会改善EMSA的电泳结果。如需纯化，可以按照如下步骤操作：
1对于100微升标记好的探针，加入14体积即25微升的5M醋酸铵，再加入2体积即200微升的无水乙醇，混匀。
2在70℃至80℃沉淀1小时，或在20℃沉淀过夜。
3在4℃，12000g16000g离心30分钟。小心去除上清，切不可触及沉。
4在4℃，12000g16000g离心1分钟。小心吸去残余液体。微晾干沉淀，但不宜过分干燥。
5加入100微升TE，完全溶解沉淀。标记好的探针最好立即使用，最长使用时间一般不宜超过3天。标记好的探针可以保存在20℃。
三、EMSA胶的配制
1准备好倒胶的模具。可以使用常规的灌制蛋白电泳胶的模具，或其它适当的模具。最好选择可以灌制较薄胶的模具，以便于干胶等后续操作。为得到更好的结果，可以选择可灌制较大EMSA胶的模具。
2按照如下配方配制20毫升4％的聚丙烯酰胺凝胶注意：使用291等不同比例的AcrBis对结果影响不大。
（1）TBEbuffer10X：1毫升。
f重蒸水162毫升。（2）391acrylamidebisacrylamide40wv：2毫升。（3）80甘油：625微升。（4）10过硫酸铵ammo
iumpersulfate：150微升。（5）TEMED：10微升3按照上述次序加入各个溶液，加入TEMED前先混匀，加入TEMED后立即混匀，并马上加入到制胶的模具中。避免产生气泡，并加上梳齿。如果发现非常容易形成气泡，可以把一块制胶的玻璃板进行硅烷化处理。四、EMSA结合反应1如下设置EMSA结合反应阴性对照反应：1）NucleaseFreeWater：7微升。（2）EMSAGelShift结合缓冲液5X：2微升。（3）细胞核蛋白或纯化的转录因子：0微升。（4）标记好的探针：1微升。（5）总体积：10微升。样品反应：（1）NucleaseFreeWater：5微升。（2）EMSAGelShift结合缓冲液5X：2微升。（3）细胞核蛋白或纯化的转录因子：2微升。（4）标记好的探针：1微升。（5）总体积：10微升。探针冷竞争反应：
f（1）NucleaseFreeWater：4微升。（2）EMSAGelShift结合缓冲液5X：2微升。（3）细胞核蛋白或纯化的转录因子：2微升。（4）未标记的探针：1微升。（5）标记好的探针：1微升。（6）总体积：10微升。突变探针的冷竞争反应：（1）NucleaseFreeWater：4微升。（2）EMSAGelShift结合缓冲液5X：2微升。（3）细胞核蛋白或纯化的转录因子：2微升。（4）未标记的突变探针：1微升。（5）标记好的探针：1微升。（6）体积：10微升Supershift反应：（1）NucleaseFreeWater：4微升。（2）EMSAGelShift结合缓冲液5Xr