EMSA实验技术及方法简介
实验简介
凝胶迁移或电泳迁移率实验（EMSAelectrophoreticmobilityshiftassay）是一种研究DNA结合蛋白和其相关的DNA结合序列相互作用的技术，可用于定性和定量分析。这一技术最初用于研究DNA结合蛋白，目前已用于研究RNA结合蛋白和特定的RNA序列的相互作用。通常将纯化的蛋白和细胞粗提液和32P同位素标记的DNA或RNA探针一同保温，在非变性的聚丙烯凝胶电泳上，分离复合物和非结合的探针。DNA复合物或RNA复合物比非结合的探针移动得慢。同位素标记的探针依研究的结合蛋白的不同，可是双链或者是单链。当检测如转录调控因子一类的DNA结合蛋白，可用纯化蛋白，部分纯化蛋白，或核细胞抽提液。在检测RNA结合蛋白时，依据目的RNA结合蛋白的位置，可用纯化或部分纯化的蛋白，也可用核或胞质细胞抽提液。竞争实验中采用含蛋白结合序列的DNA或RNA片段和寡核苷酸片段（特异），和其它非相关的片段（非特异），来确定DNA或RNA结合蛋白的特异性。在竞争的特异和非特异片段的存在下，依据复合物的特点和强度来确定特异结合。
凝胶迁移或电泳迁移率检测（ElectrophoreticMobilityShiftAssayEMSA）是一种检测蛋白质和DNA序列相互结合的技术，最初用于研究DNA结合蛋白和其相关的DNA结合序列相互作用，可用于定性和定量分析。这一技术目前已用于研究RNA结合蛋白和特定的RNA序列的相互作用。
由于很多研究的TF不具有结合的特异性，所以即使发现TF和被研究的寡核苷酸探针结合，也不表示在体内该TF不能和其它寡核苷酸结合，运用一些生物信息学软件，可以模拟表示TF与基因启动子区寡核苷酸结合的具体情况，发现TF可以和启动子区PUTATIVE结合。
同时，由于EMSA在体外不能模拟细胞内众多生物分子的相互作用，比如，某一TF在细胞内由于受到其它TF的协同或者修饰后才能与寡核苷酸结合的话，那么在体外是不能重现这一结果的。
2003年上一篇关于ChIP方法的介绍文献攻击EMSA没有考虑细胞内完整自然的染色质结构和调节的影响而受到很大的限制！
下面是在一个PROTOCAL
1探针的标记：1如下设置探针标记的反应体系：待标记探针175pmol微升2微升T4Poly
ucleotideKi
aseBuffer10X1微升NucleaseFreeWater5微升γ32PATP3000Cimmolat10mCiml1微升T4Poly
ucleotideKi
ase510u微升1微升
f总体积10微升按照上述反应体系依次加入各种试剂，加入同位素后，Vortex混匀，再加入T4
Poly
ucleotideKi
ase，混匀。2使用水浴或PCR仪，37℃反应10分钟。3加入1微升探针标记终止液，混匀r