进行杂交r
将未杂交的分子洗去（如果用实时荧光检测可省去此步）这时r
用r
落射荧光显微镜或其它荧光显微装置对片基进行扫描r
采集每点荧光强度并对其进行分析比较r
前已述及r
由于正常的Watso
Crick配对双链要比具有错配碱基的双链分子具有较高的热力学稳定性r
所以r
如果探针与样品分子在不位点配对有差异则该位点荧光强度就会有所不同r
而且荧光信号的强度还与样品中靶分子的含量呈一定的线性关系r
当然r
由于检测原理及目的不同r
样品及数据的处理也自然有所不同r
甚至由于每种方法的优缺点各异以至于分析结果不尽一致r
r
３．基因芯片技术的主要应用r
1998年底美国科学促进会将基因芯片技术列为1998年度自然科学领域十大进展之一r
足见其在科学史上的意义r
现在r
基因芯片这一时代的宠儿已被应用到生物科学众多的领域之中r
它以其可同时、快速、准确地分析数以千计基因组信息的本领而显示出了巨大的威力r
这些应用主要包括基因表达检测、突变检测、基因组多态性分析和基因文库作图以及杂交测序等方面r
在基因表达检测的研究上人们已比较成功地对多种生物包括拟南芥（Arabidopsisthalia
a）、酵母Saccharomycescerevisiae及人的基因组表达情况进行了研究r
并且用该技术（共157112个探针分子）一次性检测了酵母几种不同株间数千个基因表达谱的差异r
实践证明基因芯片技术也可用于核酸突变的检测及基因组多态性的分析r
例如对人BRCAⅠ基因外显子11、CFTR基因、β地中海贫血、酵母突变菌株间、HIV1逆转录酶及蛋白酶基因（与Sa
ger测序结果一致性达到98）等的突变检测r
对人类基因组单核苷酸多态性的鉴定、作图和分型r
人线粒体166kb基因组多态性的研究等r
将生物传感器与芯片技术相结合r
通过改变探针阵列区域的电场强度已经证明可以检测到基因（ras等）的单碱基突变r
此外r
有人还曾通过确定重叠克隆的次序从而对酵母基因组进行作图r
杂交测序是基因芯片技术的另一重要应用r
该测序技术理论上不失为一种高效可行的测序方法r
但需通过大量重叠序列探针与目的分子的杂交方可推导出目的核酸分子的序列r
所以需要制作大量的探针r
基因芯片技术可以比较容易地合成并固定大量核酸分子r
所以它的问世无疑为杂交测序提供了实施的可能性r
这已为实践所证实r
r
４．基因芯片技术的研究方向及当前面临的困难r
尽管基因芯片技术已经取得了长足的发展r
得到世人的瞩目r
但仍然存在着许多难以解决的问题r
例如技术成本昂贵、复杂、检测灵敏度较低、重复性差、分析泛围较狭窄等问题r
这r