母校内办学，实为“校中校”，但实行高收费，这种一个校园内的“双轨制”收费，引起了很多家长的不满。这些花样翻新的违规招生扰乱了招生秩序，损害了母校的声誉。
独立学院处于在“牌子”与“票子”的博弈之中。
独立学院为什么铤而走险，冒着被取消招生资格的风险违规招生？
采访中，一位独立学院的校长无奈地表示：一方面，投资方想收回成本；另一方面，有的学校确实有办学条件，但指令性的招生计划卡着脖子。
比如，2004年湖北省预留给独立学院的本科招生计划总共只有两万名，而湖北目前的独立学院实际有36所（部分未经教育部核准），平均每所独立学院的本科招生计划不足560人，与一些投资规模较大的独立学院的预期年度招生规模相差5倍～10倍。
“生源吃不饱，资源就闲置，可银行的贷款等着还，投资老板不违规就是‘等死’，违规就是‘找死’，这好比‘一个人一餐要吃1斤饭，可偏偏只给他2两’”。这位校长这样形容。
“资本逻辑”与“教育本性”之争
华中科技大学文华学院院长杨传谱，把这归结为“计划与市场的矛盾”。
他解释，我国高等教育几乎全部制度化的游戏规则，都是围绕着如何管理好公办高校而制定的。政府主管部门往往习惯于用管理公办高校的眼光和游戏规则来看待、管理和规范独立学院，因而，总是得出这也不规范、那也不合理的种种结论。
他认为，公办高校是国家或地方政府举办的高等学校，其投资主渠道是国家或地方政府的财政性教育拨款，因此，国家对公办高校拥有完全产权。公办高校的学生虽然也缴纳一定数量的学费，但因同时享有更多的国家财政性经费资助，而与公办普通高校形成的是一种行政隶属关系。在这种前提下，政府既可代表国家对公办高校行使教育主权，而且还可以在产权范围内对公办高校行使一定的管理权或行政干预权。如与财政性教育经费投资总量相关的规模发展权、招生计划控制权、收费标准制定权等。
f独立学院则是高校与社会力量联合举办的学院。与民办高校的性质类似，其投资主渠道是社会力量通过社会市场而筹集的民间资本，而民间资本的投入往往又具有投资回报性质。独立学院的学生因全额缴纳学费而不享受任何政府财政经费补贴，因此，学生与独立学院之间的关系，实质上是一种服务性的契约关系，而不是公办高校那种行政隶属关系。在这种前提下，政府依法代表国家对独立学院行使教育主权（例如，意识形态的灌输权、行政监督与指导权等）是理所应当的。但是，政府没有投资独立学院，所以并不拥有独立学院的r