大多数文章应用于基于液相的代谢组学或代谢物组学，当超高效液相被引进这个领域在2005年之后，就开始逐渐被替代。液相质谱应用已经用于反相色谱分离，随着亲和色谱和离子对色谱变得更加流行，由于反相液相色谱监测极性片断代谢物组学的局限性已经是显而易见了的。然而，当分析一个复杂的混合物，一个宽范围的极性分析物，没有一个理想的解决方法，因此，研究者被迫选择最好的方案使最大程度上包含样品中所有组分适于所使用的检测器。出于这个原因，绝大多数代谢显型实验已经使用反相液相色谱或者与亲和色谱或离子对色谱联合使用，描述如以下33部分中。
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f3、1
UPLCMS同时在早期的研究中使用LCMS来分析代谢组学和代谢物组学应用传
统的HPLC（确实许多人依旧使用它），一步的改变基于挖掘LCMS方法的代谢型潜力，发生在引进2μm以下粒径的UPLCUHPLC的方法。这种先进的兼容性的技术与传统的HPLC对比如图2大鼠尿液中成分，借助HPLC和UPLC分离。正如它显示的特点，UPLC是更加先进的代谢轮廓，结合随之而来提高的分辨率（每个峰分离的更准确），更高的灵敏度和效率，减少了离子抑制。这些特性已经使调查者能够显著的检测到在一样的样品中具有相同分析时间更多分析物的一个传统的HPLC的分离。应用这种类型轮廓关于生物学问题一个早期例子就是使用UPLCMS的方法描述尿液轮廓来源于三个家族的Zucker鼠表明家族的差异和一个重要的年龄轨迹如图三。UPLC应用于代谢显型目前代表性“黄金标准”对于这种类型的分析物和此方法已经变得普通在代谢轮廓共同体的范围内对于研究人类疾病在癌症调查、肥胖、酶诱发的易变性、肝和肾疾病中。Scopus的调查揭示在2009年，UHPLC或者UPLC术语变得同等的与HPLC术语，2013年，它被频繁的使用四次在文章中解决代谢组学和代谢物组学（此调查实行在2014年2月使以上术语在摘要、关键字和标题）。利用UPLC对于代谢显型增长的可接受程度反映在最近公开的建议的标准方法（因此叫草案），描述了使用反相超高效液相质谱分析样品，例如尿液、血清或血浆和组织。一个主要的优点是2μm以下的粒度的液相色谱是最佳分离发生在高线速度的流动相伴随着分离行为保持在持续一个宽范围的流速。UPLC宽范围的最佳流速允许高流速被用于产生非常快速分析，可以从一个使用2mi
反相梯度分离分析大鼠尿液的研究结果的例子中看出来。分析这种类型产生一种相似水平的显型的辨别一个传统的10mi
HPLC分离（虽然减少了在大量代谢产物r