从行政隶属关系中分离出去必然会造成乡镇政府职能分解拥有的行政权力和手段受到限制会在乡镇工作中造成部门之间、部门与乡镇之间的不协调、不能配合以至乡镇政府难以统筹安排力量有效的去管理本乡镇的社会公共事务。于此同时部门利益对乡镇的扩张还表现为：上级主管部门不顾乡镇实际情况而大量增加人员导致乡镇人员过多负担过重。大大削弱了乡镇政府的职能导致乡镇履行公共服务的职能水平不断下降。
三乡镇职能行使偏差
依照政府职能的要求乡镇政府对乡镇经济、教育、文化、卫生及各项社会事业的发展具有规划、指导、协调和服务的责任但是目前我国乡镇政府还存在着计划经济条件下的管理方式已经远远超出了自身的职责范围。有的乡镇政府干预的过多直接插手
f生产经营活动用行政手段去介入竞争性领域于此同时在日常具体工作中乡镇政府的主要精力用于应付“中心工作”达标验收。乡镇干部多数是给上级机关办事依靠上级的指标工作用于农民所盼、社会所需的工作时间就相对的减少了不能更好的履行其应承担的公共职责。此外按照法律规定行政执法的主体是县级以上人民政府及其职能部门乡镇政府不具有行政执法的主体资格但是在涉及征地拆迁、计划生育、突出问题整治等方面由于单纯依靠上级政府职能部门无力完成于是上级党委、政府便以文件或通知等形式要求“乡镇党政一把手负责”并且实行“一票否决”制。在这种压力下乡镇政府为了完成上级党委和政府下达的任务指示只好使用不规范的公共权力手段结果导致越权执法、违法执法等现象的发生极大的破坏了干群关系影响政府的形象和威信降低了政府的公信力出现乡镇政府“责任大而权力小”的现象。
四乡镇公共产品供给短缺
乡镇政府应该是农村公共产品主要的供给者这是政府职能的重要体现。但是由于长期以来，以农补工的政策等诸多因素的影响已使我国农村社会公共产品供给严重缺乏。其表现为1、目前农村公共基础设施建设对经济发展和农民生产、生活需要不适应。目前全国还有很多乡镇、上万个村，不通公路。很多地方农村公路睛通雨阻路况及差部分地区人畜饮水都很困难基本的生存条件都无法保障。同时农田水利基础设施老化抵御自然灾害能力薄弱。过度的砍伐、不合理的开采导致水土流失而引发了许多泥石流、洪涝灾害、农田被毁等重大问题。2、公共卫生事业停滞不前。目前农村人均卫生事业经费严重不足与城市人均卫生事业经费相差很远。这种状况使农村的医疗条件严重r