空间顺序有序进行的，此即为基因的差异表达。在真核生物中，从个体的生命活动、组织的分化、凋亡到细胞对各种生物、理化因子的应答，本质上都涉及基因的选择性表达。表型克隆策略的特点是既不考虑基因的功能线索，也不考虑基因在染色体上的位置信息，而是直接在疾病与正常样本之间寻找分子水平上的差异，联系疾病的表型与基因，故又称为表型克隆。表型克隆研究有差异显示PCR、抑制性消减杂交和基因鉴定集成法等多种技术方法。研究者可以依据自身研究条件，选择适合的方法。成果：通过这种研究策略，Patti等于2003年发现PGC1α和PGC1β促进脂肪酸β氧化、肌肉中葡萄糖的转运和肝糖异生，与T2DM显着相关；2005年，Gu
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等发现ARNTHif1β与T2DM显着相关。不足：各种鉴定技术各具特点也各有不足，比如假阳性率高和操作自动化程度低等等，需要结合自身情况选择适合方法。总体来说，在这个阶段，除了在一些特殊单基因糖尿病的致病基因研究方面有了不错的成绩，T2DM易感基因的研究可谓事倍功半，似乎陷入了瓶颈。
2GWAS阶段：GWAS是指在全基因组层面上，开展多中心、大样本、反复验证的基因与疾病的关联研究，全面揭示疾病发生、发展与治疗相关的遗传基因。简言之，就是从人类全基因组范围内的序列变异单核苷酸多态中，筛选出那些与疾病性状关联的SNPs。近几年来，几种关键技术的进展使我们能够将关联研究从候选基因扩展到全基因组。首先，数百万个SNP公共数据库的建立是基础；这些常见变异解释了绝大多数人类个体间的差异，它们在疾病发生中的作用也将逐渐被揭示。其次，“国际HapMap计划”对270个DNA样本中380万个SNP基因型的测定及对单倍taggedSNP的鉴定，可用于指导所谓taggedSNP的选择，从而加快发现大多数余下的常见基因变异。此外，高通量基因型检测技术的建立和随之开发的遗传学统计分析方法使得大规模高通量的T2DM易感基因病例对照研究成为现实。目前为止，公认的T2DM易感基因已经增至20个，同时还发现了13个影响空腹血糖的基因以及5个影响餐后血糖的基因。可以说GWAS使糖尿病的病因学研究突破瓶颈，迎来了新的曙光。（1）GWAS的基本原理和研究设计类型：GWAS的设计基本原理与经典的病例对照研究相同，即假设某个SNP与疾病发生关联，则理论上病例组中该SNP的等位基因频率应当高于对照组（未患有该疾病）。然后通过假设检验来检验该假设。考虑到研究的成本、基因分型的成本以及研究的把握度等方面的因素，GWAS的研究设计目前分为单阶段研究、两r