配置原则以及环保职能的运行方式，它不仅包括各级环保行政机构自身内部的权力结构，也包括规范权力的合理行使、保证政令有效运行的一系列规则与制度，大致可以分为三个部分：（一）组织结构指国家对享有环境行政管理权的行政管理机构的具体设置以及机构之间的相互关系。拥有一定职权的环境行政管理机构是环境行政管理体制的核心和重要组成部分，其主要包括环境行政机关、授权的环境行政机构、受委托的机构与社会组织三部分。环境行政机关指按照宪法和组织法的规定设立的，以行使环境行政权，对国家的环境事务进行管理的机关，根据所辖区域范围的不同，可以分为中央环境管理机关和地方环境行政管理机关，在我国主要是国务院、国务院环保
f总局、地方人民政府以及地方各级环保局。授权的环境行政机构，指并不因组织的成立而从宪法和组织法获得行政职权，而来自于有权机关以法律、法规形式的授予而获得相应环境行政权力的环境行政主体。在我国这类授权主体比较多，如《环境保护法》第7条第2、3款规定的授权主体，又如根据《淮河流域水污染防治暂行条例》第4条设立的淮河流域水资源保护领导小组。受委托的组织，是指接受环境行政机关的委托而取得环境行政权力，以委托的行政机关的名义实施环境行政决定，并由委托的行政机关承担由此所发生的法律责任的组织。在我国现阶段，委托社会组织代替从事环境行政管理的还很少，主要是各环保局的职能机构如监测站以及2006年总局新设立的环境保护督查中心等各类派出机构，这应是今后壮大与发展我国环境行政管理力量的重要方向。（二）权力配置结构指各种环境行政管理机构横向的职权分工、权限划分以及纵向的职权位阶等。权力的配置是垂直分工，水平分工，还是交叉分工？具体可分为四个方面的内容：一是环保行政权力在中央和地方之间的配置；二是环保行政权力在同级政府之间的配置，如省与省之间的配置；三是环保行政权力在没有隶属关系的同级政府的不同部门或机构之间的配置，例如在环保局、林业局、水利局、农业局等部门之间的配置；四是环保行政权力在具体的一个部门的内部机构之间的分工，如在综合处、污控处、生态保护处、监察大队、监测站之间的配置与分工。
f另外，如果从权力的来源进行分类，职权的配置结构也可指在环境行政机关、授权的环境行政机构、受委托的社会组织之间和各自内部的环境行政职权范围的具体分工，以及分配的环境行政职权在整个环境行政权力体系中的位阶态r