机构设置、编制、任务、经费来源、人员调动及任免都作出了明确规定。“双重领导”体制已运作15a4，曾经起到统一指导、协调、监督、团结治水的职能。但事实上水利部门与环保部门在水质监测、评价标准方面存在很多重复且不一致的地方；规划方面也存在类似的问题。现在，要对这一体制进行改革，关键的问题是如何在运行机制上协调好，不必重复结构设置。借鉴日本的经验，要明确水利部门和环保部门以及其他部门的职责及工作分工。水利部门应该对水资源的质和量进行统一管理，环保部门依据多部门提出的排污口处的限制排污总量意见，对陆上区域范围类的污染源进行管理，即“水利部门不上岸，环保部门不下水”。但部门之间都应遵守法律、法规的同时加强协作，部门规划应符合国家的总体规划的要求以及多部门联合作出的规划要求。
32中国最严格水资源管理制度
面对我国日趋严重的水资源情况，对水资源的重视也逐步提升。水利部水资源司郭孟卓司长在中国科协2001年学术年会上的报告中指出，党中央、国务院已经将粮食、石油和水确定为三大战略资源。水利部副部长索丽生在此会上作报告时所言：“如果不采取有力措施，中国有可能在未来出现严重的水危机5。水资源问题已成为中国实现可持续发展战略过程中必须认真解决的重大问题。结合我国最严格的土地管理制度，2012年1月12日，国务院以国发〔2012〕3号印发《关于实行最严格水资源管理制度的意见》。《意见》分总体要求；加强水资源开发利用控制红线管理，严格实行用水总量控制；加强用水效率控制红线管理，全面推进节水型社会建设；加强水功能区限制纳污红线管理，严格控制入河湖排污总量；保障措施5部分6。最严格的水资源管理制度是一种行政管理制度，它是指根据区域水资源潜力，按照水资源利用的底限，制订水资源开发、利用、排放标准，并用最严格的行政行为进行管理的制度。最严格水资源管理制度的核心是由开发、利用、保护、监管四项制度来构成，再往下面则贯穿了整个水资源工作领域的评价、论证、取水工程管理、计划用水、保护治理、规划配置、监测、绩效考核等若干小制度。7最严格水资源管理制度是以水循环规律为基础的科学管理制度，是在遵守水循环规律的基础上面向水循环全过程、全要素的管理制度；最严格水资源管理制度是对水资源的依法管理、可持续管理，其最终目标是实现有限水资源的可持续利用；最严格水资源管理制度旨在提高水资源配置效率的管理，水功能区达标率r