而，时局方定，兵燹又起。贞三年（1215年），金辽东宣抚使蒲鲜万奴叛金，占据东京（今辽阳），称天王，国号大夏（史称东真，或作东夏），建元天泰，却屡被金攻败。四年附于蒙古，以子入质，旋又杀蒙古所置辽东行省官，叛去南京（今吉林延吉城子山故城），后率10万余众横渡鸭绿江去海岛。金宣宗兴定元年（1217年）4月，他突然侵犯婆速府路，并破江东高丽大夫营。金哀帝（完颜守绪）天兴二年（1233年）9月，他被蒙古军擒拿灭国。鸭绿江下游一带方从战乱中解脱出来。
为抵御江东高丽来犯，金于鸭绿江右岸遍设边堡。其中，在今九连城镇西北部依山临河险要处建
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f筑的城堡，明朝始称九联城，后改称九连城。至今，丹东地区还有许多村落以“堡”称谓（清代，满族也称小平原或小盆地聚居区为“堡”，现在这些村落的称谓也函盖在内）。1979年，在大蒲石河口遗址出土的金代“提控所印”，为研究金代在这一带建制，提供了重要的实物资料。
宋宁宗开禧二年（1206年），蒙古族（史称蒙兀室韦，亦作萌古、朦骨、蒙古里，为古族室韦的一部，东胡的一支）领袖孛儿只斤铁木真（即成吉思汗，庙号太祖），建立蒙古汗国（1271年改号元），之后，大力扩充实力。蒙哥汗时，已陆续攻灭西辽、西夏、大理，并与南宋联合灭金。
对金联合作战，是宋将孟珙率先破城灭金的。论理，南宋作为重要的战争胜利的一方，应该收回全部或部分被金侵占的领土，然而南宋皇帝理宗不仅将胜利成果拱手让人，而且在蒙古连连进攻下毫无作为，只一意纵情声色，右宰相贾似道又密向蒙古称臣纳贡诈称胜利。结果，疆土日削，国势益危。丹东等地回归自然无望了。当帝祥兴二年（1279年）元灭南宋后，丹东地区遂长期被纳入元朝版图。
元沿袭金制，称婆挲府路，隶于辽阳行中省。至元三年（1266年）改置婆挲府宣抚司，于至元十七年（1280年）改置婆挲府，后又改婆挲巡检司，属于辽阳路。另设婆挲府屯田府，还在今九连城建驿昌站。并在今凤城市境内建龙凤站、斜列站、开州站、汤站。也在今宽甸境内建站。
元朝实行民族歧视政策，将治下的民族分为四等：蒙古人地位最优先，色目人次之，汉人（包括契丹、女真、高丽等族）再次之，南人则最后。丹东地区的满汉各族便被列为三等贱民，在各方面都受到歧视和不公平待遇，言行受到严格限制，承担着极沉重的役税，因而激起满汉等民族的愤怒和反抗。至今，这里还广泛流传着“八月十五杀鞑子”的故事（古代我国对北方少数民族统称为“鞑靼”，这里专指蒙古人）。
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