040年，疾病极少进展，而HBeAg血清学转换率极低。此时病毒水平很高却没有相应肝脏疾病表现是免疫耐受的结果：可能是由于胎儿时期暴露于宫内HBeAg导致针对HBV的T细胞克隆清除。表2慢乙肝感染的不同阶段
f若免疫清除失败，转氨酶持续或反复升高，则发生肝硬化及肝细胞癌的风险增加。C基因型患者HBeAg血清学转换较其他基因型晚，或许可以解释C基因型感染患者肝细胞癌发生率更高。
失去免疫耐受触发疾病进入第二阶段或免疫清除期（HBeAg阳性慢乙肝感染，图3，表2），表现为HBVDNA的下降和转氨酶的升高。HBsAg水平也有下降（103104IUml）。大约1020的患者将在1年内清除HBeAg并产生抗HBe，也就是发生HBeAg血清学转换。
成功发生HBeAg血清学转换、HBVDNA被抑制及转氨酶水平正常标志着疾病进入非活动期，此时HBVDNA水平趋向很低水平（通常2000IUml）甚至检测不到，而HBsAg水平也逐渐下降至102103IUml。
相比于较晚发生HBeAg血清学转换，在30岁之前转换者肝细胞癌发生率更低，长期生存情况更好。
自发性HBsAg血清学清除率约为051年。在非活动期HBsAg低于1000IUml的患者更易发生自发性HBsAg的清除。相比于50岁之后清除HBsAg、已经发生肝硬化或者有HCV共感染的患者，在50岁之前且未发展到肝硬化时清除HBsAg的患者预后最好。
大约2030患者将经历HBV再活动，表现为在HBeAg血清学转换后HBVDNA再次升高和（或）ALT升高。这些患者处于HBeAg阴性慢乙肝阶段，大多数可检出前C区或（和）BCP区突变。HBeAg阴性肝炎活动患者肝硬化及肝细胞癌发生率增加，而维持在非活动期的患者预后更好。
总体而言，围生期感染HBV的人群中约40的男性和15的女性将死于肝硬化或肝细胞癌。
f在台湾一项基于人群的研究中，3342名未经治疗的非肝硬化HBsAg阳性人群，其肝硬化的发生率为838110万（人年），肝细胞癌为306310万（人年）。在发生肝硬化的人群中，肝细胞癌的发生率可高达8000例10万（人年）。
相比于亚洲人，白种人慢乙肝患者肝细胞癌的发生率更低。一项总结了全球研究的综述估计HBsAg阳性的肝硬化患者肝细胞癌的发生率为23，而无肝硬化的患者则小于1。
大部分HBV相关肝细胞癌是在肝硬化的基础上发生，但也有20的例外。肝细胞癌发生的危险因素是多种多样的（pa
el2），咖啡似乎是一个保护性因素。
总结肝细胞癌相关的危险因素：1、宿主因素⑴年龄大于50岁⑵男性⑶肝硬化⑷肝细胞癌家族史⑸非洲或者亚洲人种⑹肥胖⑺糖尿病2、病毒因素⑴HBV高复制水平⑵r