“实用生物信息技术”课程小组集体练习、讨论、交流总结报告
班_MS2_组_C01_次_11_
讨论时间：2016年11月30日讨论地点：中国农业科学院教学楼八教参加人员：王琪周燕于海燕寇俊凤讨论主题：通过PrimerPremier5软件设计引物讨论内容：利用PrimerPremier5设计引物，加深对设计引物原则理解。提取棉花叶总RNA然后用试剂盒反转录成cDNA，用cDNA作为模板扩增基因的CDS区，然后想要转染进感受态细胞中。比如TPS27基因，首先在NCBI找到它的mRNA序列，然后找到它的CDS序列，全部复制下来，在primer50中设计引物，第一次自己操作可以多筛选几对引物，尽量避免错配，二聚体，产生错的产物即可。最后在引物的5端添加酶切位点以及保护碱基。具体操作打开PrimerPremier5FileNewDNASeque
ce选项ASisOK
点击primer按钮，弹出菜单后点击search按钮
f选择PCRprimer，Pairs参数，并选择所需PCR产物长度，OK会弹出搜索结果菜单，点击OK
f在搜索出的结果列表里选择TM合适、GC含量高、无各种BUG的引物，点击editprimer，将所得引物复制
而后点击SA按钮，并继续点击editprimer，复制反向引物，引物设计达成。
f得到3端GAAGTTCCAAGGTCGTTA5端TCGTGGGCAGATTTATGT然后添加酶切识别序列到引物5端。常用的内切酶比如BamHI、EcoRI、Hi
dIII、NdeI、XhoI，这里我选择XhoI（一般在构建质粒上有且目标基因本身不被识别就可以）插入酶切位点后点击A
alyz
发现Tm为645有Dimer和FalsePrimi
g因此该对引物不可以。经过分析酶切位点后没有完全没有BUG的引物，因此选择几个与设计原则背离较小的引物。收获体会：因为上一次的讨论效率比较慢，导致学习效果不是太理想，所以这次改进了讨论的方式。（1）因本小组成员各自研究方向都涉及，这次主要讨论了大家在以后的课题中都会用到
的PrimerPremier5来进行引物的设计。在这次的学习过程中充分用到了自己的分子生物学的知识。通过这样的学习方式，学习快效率比较高。（2）利用PrimerPremier5来引物的过程中发现，此软件对引物要求较高，不易有比较满意的引物，以后可以尝试Oligo软件。（3）要深刻理解把握设计引物的原则，多尝试，多设计，一定有一款适合你。（4）意识小组合作重要性，三人行必有我师焉，不懂就要问，不会就要学。不怕不会就怕不学。这个很重要！！！存在问题：（1）在刚开始安装PrimerPremier5的时候出现了问题。（2）组员对此软件不是很熟悉，但是通过交流，查资料，自己动手操作已解决这个问题。（3）分子生物基础知识还需r