与主管部门（农业厅），主管部门（农业厅）与项目单位的法人代表或负责人需要签订目标责任书，明确各自的权利和责任。
各级财政和农业部门各负其责，根据职责分工，加强协调，密切配合。财政部门的主要职责是：落实补贴资金预算，及时拨付补贴资金，对资金的分配使用进行监督检查等。即财政部审查各省上报的《测土配方施肥补贴资金项目实施方案》和《测土配方施肥补贴资金项目资金使用方案》
f后，将中央财政补贴资金拨付到省级财政部门，省级财政部门扣除各项目县仪器设备采购资金后，全部下拨到各项目县。
农业部门的主要职责是：具体负责补贴专项的组织实施和管理，包括编制项目实施方案、组织开展项目申报、项目实施、检查及验收等。
（3）补贴资金的使用原则：应遵循公开、公正、农民自愿、稳步推进的原则。
公开，指补贴政策、办法公开，补贴资金分配使用过程透明。公正，指项目县的选择客观公正，配方肥加工企业和仪器设备按照招标办法公平竞争，择优选用。农民自愿，指尊重农民的选择，不违背农民意愿硬性要求测土配方配肥，或强行要求农民购买配方肥料。稳步推进，指测土配方施肥按照先行试点，逐步推开的原则实施，避免一哄而上。（4）项目单位根据项目批复的项目预算和实施进度支付项目资金。即按照项目批复的内容，编制测土配方施肥补贴资金使用计划，然后按照使用计划，根据项目实施的进度拨付或支付项目资金，这一点湘潭县做的很好。
f（5）为节约使用资金，要求实行仪器设备政府采购和配方肥加工企业招投标。
仪器设备由省里统一实行政府采购，各县根据自身的化验室的情况，按照缺什么补什么的原则，及时上报仪器设备采购清单，由省厅按照政府采购程序，根据“同价比质，同质比价，同质同价比服务”的原则，经过评标委员会确定中标人，前两年政府采购的结果，通用设备节约资金20％以上，专用设备节约资金40％以上，平均节约资金30％以上。（6）项目单位要建立健全会计核算制度。测土配方施肥补贴资金不一定实行专户储存，但一定要专帐管理，实行专款专用，任何单位和个人不得挤占、截留、挪用。绝大部分项目县补贴资金会纳入国库集中支付范围管理，请这部分项目县执行国库集中支付有关规定。5、监督检查：（1）项目单位应定期向省里报告项目资金使用和项目实施情况，对项目单位不按规定使用资金的视情况可中止项目执行；项目实施过程中，存在严重弄虚作假的项目单位，取消该单位今后的申报资格，并通过媒介对单位及r