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一般来说一个肿瘤的发生其驱动基因突变的数目为08个,且他们不会分布于同一个关键的肿瘤相关信号通路中(比如BRAF和KRAS,比如APC和CTNNB1)或并行的两个重要信号通路中(比如PIK3CA和KRAS)。一般来说原癌具有较为明显突变热点聚集倾向(比如KRAS和PIK3CA),而抑癌基因的突变位点较为分散(比如RB1和VHL)。
f对全外显子检测目前已经在肿瘤中得到较为广泛的应用,如何高效寻找驱动基因突变急需指导和规范化的文件,但由于肿瘤细胞突变多为体细胞突变,遗传性突变领域的规范化文件(后面会具体讲)难以照搬使用。因为体细胞突变的意义和遗传性突变的意义比如致病性突变这样的描述有所不同,比如我们可以采用响应药物的突变(respo
sive)、耐药突变(resista
t)、驱动性突变(driver)、继发性突变(passe
ger)来描述突变的意义。值得庆幸的是,2017年伊始,分子病理协会(Associatio
forMolecularPathologyAMP)、美国临床肿瘤协会(America
SocietyofCli
icalO
cology)和美国病理学家联盟(CollegeofAmerica
Pathologists)对高通量测序在肿瘤诊疗领域的应用从突变记载(HGVS)、注释解读、报告进行了指导和规范(PMID27993330)。该指导规范中对参考序列数据库(如NCBI)、人群基因频率数据库(如1000G、ExAC)、肿瘤数据库(如COSMIC、ICGC)、疾病数据库(如HGMD、Cli
Var)、预测软件(如PolyPhe
2、Huma
Splici
gFi
der)的使用和注意事项给出了意见。该规范还推荐对肿瘤细胞的体细胞变异划分为四个级别:具有确定性临床意义的突变(varia
tswithstro
gcli
icalsig
ifica
ce,LevelA和LevelB)、可能具有临床意义的突变(varia
tswithpote
tialcli
icalsig
ifica
ce,LevelC和LevelD)、临床意义不明的突变(varia
tsofu
k
ow
cli
icalsig
ifica
ce)、良性或可能良性的突变(varia
tsdeemedbe
ig
orlikelybe
ig
),并详细阐述如何将检测到突变结合数据库以归类到这四个级别中。其中具有确定性临床意义可能具有临床意义的突变包括四个等级的证据:
fLevelA:可作为预测药物反应或耐药性的FDA批准的针对特定类型肿瘤(适应症)的治疗的突变;或者已经被包括在专业指南中(如肿瘤的NCCN)作为特定类型肿瘤的治疗、诊断或预后的突变;
LevelB,可作为预测药物反应或耐药性的基于充分研究和专家共识的治疗的突变,或者是基于充分研究和专家共识的具有特定疾病诊断、预后意义的突变;
LevelC,可作为预测药物反应或耐药性的FDA或专业协会批准的跨适应症的治疗的突变,或者是已经作为临床试验的入组参考标准,或者是基于多项研究的具有特定r
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