经过四年才从昆仑山到达雪山。见面之后，太祖非常高兴，为他安排的饮食和居住环境都非常严整。
太祖当时正在征讨西方，每天都打仗。丘处机常说，想统一天下的人，一定不能喜好杀人。等到太祖问他治理国家的方略时，丘处机就说要拿敬天爱民作为根本。太祖又问到长生不老的方法，丘处机就告诉说要把清心寡欲作为关键。太祖与丘处机的主张非常投合，于是赐给他虎符，并辅以印信文书，不直接称呼丘处机的名字，只称呼他为“神仙”。有一天雷声大震，太祖拿这个天象向丘处机问询，丘处机回答说：“雷，是天的威严的展示。人的罪过没有比不孝顺更严重的了，不孝顺就是不顺应天意，所以上天威严震动来警示人们。我好像听说国家中不孝顺的人多，陛下应该宣示天威，用这个来教导大众（孝顺）。”太祖听从了他的建议。
癸未年，太祖在东山举行盛大的游猎活动，骑的马仆倒了。丘处机请见说：“上天的道义是爱护生灵，陛下年岁大了，多次打猎，不合适。”太祖因此很长时间不再打猎。
当时元兵占领蹂躏中原，黄河南北地区遭到的破坏尤其严重，百姓经常遇上被俘虏或杀戮的情况，没有地方可以逃命。丘处机回到燕地，安排自己的弟子拿着文书在两军交战后招寻一些需要救助的难民。因为这个举措，一些被掳为奴隶的人有机会再次成为平民，一些快要被折磨死的人有机会获得新生，这样的人有两三万之多。中原的人至今仍然称赞他的这些功绩。丁亥年大旱，丘处机为天下祈雨，约定三日内降雨，不久就应验了。六月，天打巨雷，下大雨，太液池岸北面的水流入东湖，声音数里外都能听到，鱼鳖都离开了，池水随后就干涸了，同时北岸入水口的高堤岸也崩塌了，丘处机叹息说：“山要折断吗，水要干涸吗，我要和它们一起去了吧！”随后就去世了，享年八十岁。
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