资源管理机构。在进行水资源管理过程中，要建立独立的管理机构，增强资源的保护能力，统一管理权力，明确管理责任，要结合沿河流域的划分标准进行管理，要站在整个玛纳斯河区域水资源保护的高度，对水资源进行统一的管理，进行科学安排，合理布置，从根本上提高水资源管理的水平，保护水资源。
34防治水污染。随着玛纳斯河流域社会经济的迅速发展，给当前水资源造成了一定污染。因此，当地水利部门要建立完善的管理规划，坚持以人为本、人水和谐的治水理念，要充分尊重自然规律。为了彻底消除污染源，当地政府要搬离重大污染的企业，避免对水资源造成污染。
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