一定的长度范围之内就可扩增出DNA片段因此如果基因组在这些区域发生DNA片段插入、缺失或碱基
f突变就可能导致这些特定结合位点分布发生相应的变化而使PCR产物增加、缺少或发生分子量的改变。通过对PCR产物检测即可检出基因组DNA的多态性。分析时可用的引物数很大虽然对每一个引物而言其检测基因组DNA多态性的区域是有限的但是利用一系列引物则可以使检测区域几乎覆盖整个基因组。因此RAPD可以对整个基因组DNA进行多态性检测。另外，RAPD片段克隆后可作为RFLP的分子标记进行作图分析。
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