术，是基于PCR技术扩增基因组DNA限制性片段，基因组DNA先用限制性内切酶切割，然后将双链接头连接到DNA片段的末端，接头序列和相邻的限制性位点序列，作为引物结合位点。限制性片段用二种酶切割产生，一种是罕见切割酶，一种是常用切割酶。它结合了RFLP和PCR技术特点，具有RFLP技术的可靠性和PCR技术的高效性。由于AFLP扩增可使某一品种出现特定的DNA谱带，而在另一品种中可能无此谱带产生，因此，这种通过引物诱导及DNA扩增后得到的DNA多态性可做为一种分子标记。AFLP可在一次单个反应中检测到大量的片段。以说AFLP技术是一种新的而且有很大功能的DNA指纹技术。11DGGE（de
aturi
ggradi
e
telectrophoresisDGGE）法变性梯度凝胶电泳法（）DGGE法分析PCR产物，如果突变发生在最先解链的DNA区域，检出率可达100％，检测片段可达1kb，最适围为100bp500bp。基本原理基于当双链DNA在变性梯度凝胶中进行到与DNA变性湿度一致的凝胶位置时，DNA发生部分解链，电泳适移率下降，当解链的DNA链中有一个碱基改变时，会在不同的时间发生解链，因影响电泳速度变化的程度而被分离。由于本法是利用温度和梯度凝胶迁移率来检测，需要一套专用的电泳装置，合成的PCR引物最好在5末端加一段40bp50bp的GC夹，以利于检测发生于高熔点区的突变。在DGGE的基础上，又发展了用湿度梯度代替化学变性剂的TGGE法（温度梯度凝胶电泳temperaturegradie
tgelelectrophoresisTGGE）。DGGE和TGGE均有商品化的电泳装置，该法一经建立，操作也较简便，适合于大样本的检测筛选。12RAPD（Ra
domamplifiedpolymorphicDNA）法运用随机引物扩增寻找多态性DNA片段可作为分子标记。这种方法即为RAPDRa
domamplifiedpolymorphicDNA，随机扩增的多态性DNA。尽管RAPD技术诞生的时间很短但由于其独特的检测DNA多态性的方式以及快速、简便的特点使这个技术已渗透于基因组研究的各个方面。该RAPD技术建立于PCR技术基础上它是利用一系列通常数百个不同的随机排列碱基顺序的寡聚核苷酸单链通常为10聚体为引物对所研究基因组DNA进行PCR扩增聚丙烯酰胺或琼脂糖电泳分离经EB染色或放射性自显影来检测扩增产物DNA片段的多态性这些扩增产物DNA片段的多态性反映了基因组相应区域的DNA多态性。RAPD所用的一系列引物DNA序列各不相同但对于任一特异的引物它同基因组DNA序列有其特异的结合位点这些特异的结合位点在基因组某些区域内的分布如符合PCR扩增反应的条件即引物在模板的两条链上有互补位置且引物3端相距在r