还有养殖环境的污染，都会产生大量的危害物质，致使粮食、蔬菜、水果、肉制品、乳制品等不合格产品充斥着整个市场。虽然近几年食品中农残和兽残的痕迹有所减少，但是食品中的病原体污染连年以较快的速度上升。
第四类问题就是违法生产、经营带来的食品安全问题。一些经销商没有营业许可证，也没有营业执照，致使非法生产经营食品问题日益严重，商家为了利益最大化，轻视了生产卫生，对法律意识及其淡漠，给食品安全带来了极大的隐患。企业违法生产、加工的现象不容忽视，少数不法分子大量使用食品添加剂，掺假制假，影响极其恶劣，我们国家现有的食品行业整体素质仍然处于较低的水平，而且卫生保证能力差，手工及家庭加工方式占主导地位，有的从业人员甚至未经过体检，这是非常严重的问题。
f第五类问题是相关部门对食品安全的监测力度不够。首先，一些地方没有统一的管理机构，市场上的各类食品种类繁多，过于混乱，消费者很难辨别，主要原因是食品管理权限不统一，管理不合理，有的甚至出现了管理部门之间互相排斥的现象，多么可悲啊，安全岂是儿戏？消费者对食品安全和环境污染之间缺乏足够的认识，不能轻易地区分哪种食品为优，哪种食品为劣，就连一些业内人员有时也解释不清。从安全食品的认证的机构来看，有机食品认证归环境部门，绿色食品、无公害食品归农业部门。而且，宣传力度不够大，现在一个令人尴尬的事实就是，消费者一方面对食品安全的要求很高，另一方面又对安全食品的公认度很低。根据对北京、广州、上海、重庆4个城市的1863名消费者的调查得出，50的人表示，在平时选择日常用品时不会特别地去关注安全食品，70以上的被调查者甚至不了解有关于安全食品的相关知识，当前全社会缺乏诚信，安全意识低下，超范围、超期使用假冒安全食品标识的现象非常普遍，消费者与生产者的信息及其不对称。这里面存在执法不严的问题，但与宣传不够也有关系，加强宣传就是为食品安全树立形象。
第六类问题是对关键技术及配套措施缺乏系统的研究。我们国家对各类食品的生产技术缺乏系统、深入的研究。比如说，种植技术，动物饲养技术、食品加工技术、储存技术等方面都存在漏洞。无论是关键技术和配套技术的合成，还是产品质量问题都有待于研究和开发，此外，在检测技术方面，我们的手段存在明显的不足。
第七类问题是没有统一的评价标准。虽然农业部对蔬菜产地环境质量做出了规定，但是要求程度却不甚一致，如对空气环境标准值而言，国家标r