PCR常见问题分析及对策无扩增产物、非特异性扩增、拖尾、假阳性问题1：无扩增产物现象：正对照有条带，而样品则无原因1模板含有抑制物，含量低对样品不合适3引物设计不当或者发生降解4反应条件：退火温度太高，延伸时间太短对策1纯化模板或者使用试剂盒提取模板DNA或加大模板的用量2更换Buffer或调整浓度3重新设计引物（避免链间二聚体和链内二级结构）或者换一管新引物4降低退火温度、延长延伸时间
f问题2：非特异性扩增现象：条带与预计的大小不一致或者非特异性扩增带原因：1引物特异性差2模板或引物浓度过高3酶量过多浓度偏高5退火温度偏低6循环次数过多对策：1重新设计引物或者使用巢式PCR
f2适当降低模板或引物浓度3适当减少酶量4降低镁离子浓度5适当提高退火温度或使用二阶段温度法6减少循环次数
问题3：拖尾
3退火温度偏低4酶量过多、Mg2浓度偏高6循环次数过多
现象：产物在凝胶上呈Smear状态。原因：1模板不纯不合适
f对策：1纯化模板2更换Buffer3适当提高退火温度4适量用酶5适当降低dNTP和镁离子的浓度6减少循环次数
问题4：假阳性现象：空白对照出现目的扩增产物原因：靶序列或扩增产物的交污染对策：1操作时应小心轻柔，防止将靶序列吸入加样枪内或溅出离心管外；
f2除酶及不能耐高温的物质外，所有试剂或器材均应高压消毒。所用离心管及加样枪头等均应一次性使用。3各种试剂最好先进行分装，然后低温贮存PCR产物的电泳检测时间
一般为48h以内，有些最好于当日电泳检测，大于48h后带型不规则甚致消失。
假阴性，不出现扩增条带PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备，②引物的质量与特异性，
③酶的质量及，④PCR循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。
模板：①模板中含有杂蛋白质，②模板中含有Taq酶抑制剂，③模板中蛋白质没有消化除净，特别是染色体中的组蛋白，④在提取制备模板时丢失过多，或吸入酚。⑤模板核酸变性不彻底。在酶和引物质量好时，不出现扩增带，极有可能是标本的消化处理，模板核酸提取过程出了毛病，因而要配制有效而稳定的消化处理液，其程序亦应固定不宜随意更改。
f酶失活：需更换新酶，或新旧两种酶同时使用，以分析是否因酶的活性丧失或不够而导致假阴性。需注意的是有时忘加Taq酶或溴乙锭。
引物：引物质量、引物的浓度、两条引物的浓度是否对称，是PCR失败或扩增条带不理想、容易弥散的常见原因。有些批号的引物合成质量有问题，两条r