可口可乐公司向商务部递交了申报材料。9月25日、10月9日、10月16日和11月19日，可口可乐公司根据商务部要求对申报材料进行了补充。
《中华人民共和国反垄断法》（以下简称《反垄断法》）第21条：经营者集中达到国务院规定的申报标准的，经营者应当事先向国务院反垄断执法机构申报，未申报的不得实施集中。
11月20日，商务部认为可口可乐公司提交的申报材料达到了《反垄断法》第23条规定的标准，对此项申报进行了立案审查，并通知了可口可乐公司。
由于此项集中规模较大、影响复杂，2008年12月20日，初步审查工作结束后，商务部决定实施进一步审查，书面通知了可口可乐公司。在进一步审查过程中，商务部对集中造成的各种影响进行了评估，并于2009年3月20日前从以下几个方面进行了全面审查工作：
A参与集中的经营者在相关市场的市场份额及其相对市场的控制力；B相关市场的市场集中度；C经营者集中对市场进入、技术进步的影响；D经营者集中对消费者和其他有关经营者的影响；E经营者集中对国民经济发展的影响；F汇源品牌对果汁饮料市场竞争产生的影响。商务部对申报材料进行了认真核实，对上述重要问题进行了深入分析，并通过书面征求意见、论证会、座谈会、听证会、实地调查、委托调查以及约谈当事人等方式，先后征求了相关政府部门、相关行业协会、果汁饮料企业、上游果汁
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f浓缩汁供应商、下游果汁饮料销售商、集中交易上方、可口可乐公司中方合作伙伴以及相关法律、经济和农业专业等方面意见。最终确认集中将产生如下不利影响：
1、集中完成后，可口可乐公司有能力将其在碳酸软饮料市场上的支配地位传导到果汁饮料市场，对先有果汁饮料企业产生排除、限制竞争效果，进而损害饮料消费者和合法权益；
2、品牌是影响饮料市场有效竞争的关键因素，集中完成后，可口可乐公司通过控制“美汁源”和“汇源”两个知名果汁品牌，对果汁市场控制力将明显增强，加之其在碳酸饮料市场已有支配地位以及相应的传导效应，集中将使潜在竞争对手进入果汁饮料市场的障碍明显提高；
3、集中挤压了国内中小型果汁企业生存空间，抑制了国内企业在果汁饮料市场参与竞争和自主创新的能力，给中国果汁饮料市场有效竞争格局造成不良影响，不利于中国果汁行业的持续健康发展。
为了减少审查中发现的不利影响，商务部与可口可乐公司就附加限制性条件进行了商谈。商谈中，商务部就审查中发现的问题，要求可口可乐公司提出可行解决方案。可口可乐公司对商务r