刺客信条系列的主线故事讲述了两大势力之间的斗争：想控制世界的圣殿骑士，努力维护自由的刺客。两个组织在古代和现代都选择了秘密的行动和斗争，他们都拥有古代遗物和未来的科技来帮助他们达到目的。确实，通过重现历史的手段，我们的主人公亲身体验了能改变现代的历史事件，进而历史和现实串联到了一起。
第一代刺客信条开始于2012事件，当时占据优势的圣殿骑士们几乎马上就要实现他们创建“新世界秩序”的梦了（为了让你记起刺客信条前几代的事情，我们在下一页准备了一个庞大的词典）。但是每一章在形成庞大的故事拼图时，也带领我们进入了更深层的境界，使很多新问题出现。
兄弟会：关键事件
刺客信条兄弟会的故事完美的衔接了2代。2012年，刺客们因为被Warre
Vidic和Abstergo公司的间谍追捕而逃离了他们的避难所。有了从英雄Desmo
d那里得到的至关重要的信息，刺客们又离找到被祖先们隐藏的伊甸园碎片近了一步。不管过程多么危险，Desmo
d还是同意花更长的时间呆在A
imus里寻找关于古代圣物位置的线索。
A
imus同时也延续了上代的记忆序列文艺复兴时期的罗马。还对密涅瓦（智慧女神，即希腊神话中的雅典娜）的话和形象感到摸不着头脑时，EzioAuditore夺回了苹果并在大门紧锁前逃离了西斯丁教堂地下的避难所。Rodrigo消失了，并且手杖也不可阻止的被屋子里的一个机器收回了。回到Mo
teriggio
i后，Ezio因为没有杀死那个西班牙人而被其他刺客指责。他奇怪的质疑他的工作是否终于完成了。他的问题被他和Cateri
aSforza享受快乐时降临到Villa的火雨回答了，同时也强行打断了他们俩的享受。CesareBorgia，Rodrigo之子为了复仇而尽最大所能毁灭了城堡和Ezio，Cateri
a的士兵。Ezio和他的家人逃走了，但是Mario却被杀了，更糟的是，Ezio交给他叔叔的苹果被Borgia夺去了。
A
imus之外，现代的刺客们追寻着Ezio的道路到了Mo
teriggio
i遗迹。被流血效应（Bleedi
gEffect）形成的“幽灵”指引着，Desmo
d和Lucy一起发现了这个城堡的避难所。他们希望在这里行动不会被Abstergo无所不在的监视系统发现。Desmo
d进化后的鹰眼同时也发现了一组几个世纪以前被Ezio留下的密码：1419，1420，1421。这样的话Ezio就一定收回了被CesareBorgia偷走的苹果。Desmo
d利用A
imus回到了他祖先的时代并带着一个重要的任务：寻找伊甸园碎片的地点。
如此，刺客信条兄弟会的主线就是Ezio对Borgia实施的报复行动。虽然Rodrigo的力量被削弱了，但是他儿子Cesare计划把他家族的影响力从罗马扩散至整个国家。Ezio干扰了r