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增多态性。优点:如共显性、位点特异性高、操作较简单和成本较低等。缺点:仅仅能够检测出位于酶切位点处的SNP,对位于酶切位点以外的SNP的检测则无法实现。
f4等位基因特异性PCRallelespecificPCRASPCRASPCR的原理是由于TaqDNA聚合酶对位于引物3末端的单个碱基的错配无法修复,当引物3末端的碱基与SNP位点的等位基因互补配对时,才能发生扩增反应;当引物3末端的碱基与SNP位点的等位基因不互补配对时,则扩增反应不能发生。每个SNP的检测都需要根据其具体位点设计三条不同的引物,其中一条是通用的引物,另两条是分别对应SNP位点的两个等位基因的特异性引物。对PCR产物进行电泳检测后,通过电泳条带的有和无就可以确定SNP的基因型。理论上,引物3末端的碱基与DNA模板发生完全互补配对时,DNA聚合酶才能使扩增有效地进行;但实际上,在一些情况下即使引物3末端的碱基与DNA模板不能够发生完全的互补配对,但是延伸仍然可以发生。为解决这一问题,人为地在3末端倒数第二或第三位引入错配碱基能够显著提高引物的特异性。目前,已出现了基于ASPCR改良的一些方法,如四引物扩增受阻突变体系PCR、片段长度差异等位基因特异PCR、多等位基因特异扩增。优点:ASPCR具有简便快速能对SNP进行分型以及费用低等优点。缺点:该方法由于特异性引物的稳定性差,对扩增条件要求比较严格,所以操作比较繁琐,因此不适于高通量SNP的检测,只适于较小规模SNP的检测。
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