引言在许多的细胞生命活动中，例如DNA复制、mRNA转录与修饰以及病毒的感染等都涉及到DNA与蛋白质之间的相互作用的问题。重组DNA技术的发展，人们已分离到了许多重要的基因。现在的关键问题是需要揭示环境因子及发育信号究竟是如何控制基因的转录活性。为此需要：a、鉴定分析参与基因表达调控的DNA元件；b、分离并鉴定这些顺式元件特异性结合的蛋白质因子；这些问题的研究都涉及到DNA与蛋白质之间的相互作用。研究DNA蛋白质相互作用的实验方法主要包括：a、凝胶阻滞实验；b、DNase1足迹实验；c、甲基化干扰实验；d、体内足迹实验；f、拉下实验。二、凝胶阻滞实验1、概念：凝胶阻滞实验（Gelretardatio
assay），要叫做DNA迁移率变动试验（DNAmobilityshiftassay）或条带阻滞实验（Ba
dretardatio
assay）是在八十年代初期出现的用于在体外研究DNA与蛋白质相互作用的一种特殊的凝胶电泳技术。2、原理：在凝胶电泳中，由于电场的作用，裸露的DNA分子向正电极移动距离的大小是同其分子量的对数成反比。如果某种DNA分子结合上一种特殊的蛋白质，那么由于分子量的加大它在凝胶中的迁移作用便会受到阻滞，于是朝正极移动的距离也就相应的缩短，因而在凝胶中出现滞后的条带，这就是凝胶阻滞实验的基本原理。3、过程1首先制备细胞蛋白质提取物（理论上其中含有某种特殊的转录因子）2用放射性同位素标记待检测的DNA片段（含有转录因子的结合位点）3这种被标记的探针DNA同细胞蛋白质提取物一起进行温育，于是产生DNA蛋白质复合物4在控制使DNA蛋白质保持结合状态的条件下，进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳5最后进行放射自显影，分析电泳结果4、实验结果的分析：a、如果有放射性标记的条带都集中于凝胶的底部，这就表明在细胞提取物中不存在可以同探针DNA相互结合的转录因子蛋白质；b、如果在凝胶的顶部出现放射性标记的条带，这就表明细胞提取物存在可与探针DNA结合的转录因子蛋白质。5、DNA竞争实验：DNA竞争实验（DNAcompetitiveassay）的具体做法如下：在DNA蛋白质结合的反应体系中加入了超量的非标记的竞争DNA（competitorDNA），如果它同探针DNA结合的是同一种转录因子蛋白质，那么由于竞争DNA与探针DNA相比是极大超量的，这样绝大部分转录因子蛋白质都会被竞争结合掉，而使探针DNA仍然处于自由的非结合状态，可以在电泳凝胶的放射自显影图片上就不会出现阻滞的条带；如果反应体系中加入的竞争DNA并不能同探针DNA竞争结合同一种转录因子，结果在电泳r