真核生物启动子有三类，分别由RNA聚合酶Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ进行转录。类别Ⅰ（classⅠ）启动子：
只控制rRNA前体基因的转录，转录产物经切割和加工后生成各种成熟rRNA。类别Ⅰ启动子由两部分保守序列组成：
核心启动子（corepromoter）：位于转录起点附近，从45至20；
上游控制元件（upstreamco
troleleme
t，UCE）：位于180至107；RNA聚合酶Ⅰ对其转录需要2种因子参与：
UBF1：一条M为97000的多肽链，结合在上述两部分的富含GC区；1个TBP，即TATA结合蛋白（TATAbi
di
gprotei
，TBP）；
SL1：一个四聚体蛋白，含有3个不同的转录辅助因子TAFⅠ；在SL1因子介导下RNA聚合酶Ⅰ结合在转录起点上并开始转录。
类别Ⅱ（classⅡ）启动子：类别Ⅱ启动子涉及众多编码蛋白质的基因表达的控制。该类启动子包含4类控制元件：
基本启动子（basalpromoter）：序列为中心在25至30左右的7bp保守区，TATAAAAT，称为TATA框或GoldbergHog
ess框。与RNA聚合酶的定位有关，DNA双链在此解开并决定转录的起点位置。失去TATA框，转录将在许多位点上开始。
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起始子（i
itiator）：转录起点位置处的一保守序列，共有序列为：PyPyANTAPyPyPy为嘧啶碱（C或T），N为任意碱基，A为转录的起点。DNA在此解开并起始转录。
上游元件（upstreamfactor）：普遍存在的上游元件有CAAT框、GC框和八聚体（octamer）框等。CAAT框的共有序列是GCCAATCT，GC框的共有序列为GGGCGG和CCGCCC，八聚体框含有8bp，共有序列为ATGCAAAT；
应答元件（respo
seeleme
t）：诱导调节产生的转录激活因子与靶基因上的应答元件结合。如热休克效应元件HSE的共有序列是CNNGAANNTCCNNG，可被热休克因子HSF识别和作用；血清效应元件SRE的共有序列CCATATTAGG，可被血清效应因子SRF识别和作用。
f参与RNA聚合酶Ⅱ转录起始的各类因子数目很大，可分为3类：通用因子（ge
eralfactor）：作用于基本启动子上的辅助因子称为通用（转录）因子（GTF），
或基本转录因子（basaltra
scriptio
），为任何细胞类别Ⅱ启动子起始转录所必需，以TFⅡⅩ来表示，其中Ⅹ按发现先后次序用英文字母定名，如TFⅡA、TFⅡD、TFⅡH。上游因子（upstreamfactor）：或转录辅助因子（tra
scriptio
a
cillaryfactor），是指识别上
游元件的转录因子。可诱导因子（i
duciblefactor）：在真核生物中，与细胞类型和发育阶段相关的基因表达，
主要通过转录因子的重新合成来进行调节的，是长期的过程。对外界刺激的快速反应则主要通过转录激活物（tra
scriptio
activator）的可诱导调节。这些诱导的转录激活因子与靶基因上所谓应r