给了的247bp。下面还有很多相关的信息……
3点击Ge
eBa
kAccessio
后面的代码进入下一个页面。
f前后引物都呈现在眼前了还有反应体系和反应条件其中PrimerA是前引物序列PrimerB则是后引物序列并且给出了他们在DNA序列中的位置。有兴趣的朋友可以在序列中找一下是可以找到的不过要注意PCR是双链扩增在序列中可以直接找到的是PrimerA的原序列和PrimerB的互补序列。
在步骤二里面我只点开了一个序列继续打开其他的可能还会有对自己有用的引物不过这要你自己慢慢发掘了。
这种寻找引物的方法有点投机取巧的味道实用程度不是很高但如果这里面恰好有你想P的片段的话恭喜你这些引物都是很成熟的引物可以直接拿过来使用了。
如果这两种方法都不能找到你需要的引物的话那就自己设计吧建议使用Primer5和Oligo。微信回复Primer或Oligo下载对应软件
4
提到序列比对绝大多数战友都会想到BLAST但BLAST的使用确实又是一个很大的难题因为他的功能比较强悍里面涉及到的知识比较多而且比对结束后输出的结果参数指标又很多。如果把BLAST的使用详细的都讲出来我想我发帖发到明天也发不完更何况我自己也不是完全懂得BLAST的使用。所以我在这里也就“画龙点睛”以比对核酸序列为例来给大家介绍一下BLAST的使用也算是BLAST的入门课程吧。请看帖的战友好好体会如果你用心看在看帖完毕之后BLAST的基本使用包括其他序列的比对应该没有问题了。
1打开BLAST页面httpwww
cbi
lm
ihgovBLAST打开后如图所示
f对上面这个页面进行一下必要的介绍
BLAST的这个页面主体部分左面包括了三部分BLASTAssembledGe
omes、BasicBLAST、SpecializedBLAST。相信大家可以看懂这三个短语的意思我就不多说了我要说的是可以认为这是三种序列比对的方法或者说是BLAST的三条途径。
第一部分BLASTAssembledGe
omes就是让你选择你要比对的物种点击相应物种之后即可进入比对页面。
第二部分BasicBLAST包含了5个常用的BLAST每一个都附有简短的介绍。第三部分SpecializedBLAST是一些特殊目的的BLAST如IgBLAST、SNP等等这个时候你就需要在SpecializedBLAST部分做出适当的选择了。
总之这是一个导航页面它的目的是让你根据自己的比对目的选择相应的BLAST途径。
下面以最基本的核酸序列比对来谈一下BLAST的使用期间我也会含沙射影的说一下其他序列比对的方法。
2点击BasicBLAST部分的
ucleotideblast链接到一个新的页面。打开后如图所示
f介绍一下
上述页面
E
terQuerySeque
ce部分是让我们输入序列的你可以直接把序列粘贴进去也可以上传序列r