动子区域和其他调控区域。希望大家可以发帖交流让我们把NCBI用的更好
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1进入NCBI主页httpwww
cbi
lm
ihgov在search后面选择Ge
e在for后面填写需要查找的基因的名字。如图所示
出现了很多基因序列在每个序列的右边还有“OrdercDNAclo
e”的链接这些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的有些是别名OtherAliases与你的目的基因一致根据每个序列的介绍认真选择你的目的基因。上图中我需要的IL6是标号为2的序列。
21查找cDNA序列
211点击OrdercDNAclo
e出现目的页面如图所示
f212点击Clo
eSeque
ce后面的链接即可得到cDNA序列。点击后如图所示只抓取其中一部分
22查找mRNA、蛋白序列
回到步骤1点击“Go”之后出现的页面点击目的基因的名字出现以下页面只抓取相关部分
页面的下半部分即可以获取mRNA和蛋白序列的部分
f找到“NCBIRefere
ceSeque
cesRefSeq”它分为几个板块第一个“mRNAa
dProtei
”区可以让我们找到连续的编码mRNA序列和蛋白序列。在mRNAa
dProtei
下面有两个序列代码中间划有一个箭头这代表了mRNA序列和蛋白序列。分别点击就可以得到相应的序列页面。点击后如图所示mRNA序列
NCBIRefere
ceSeque
cesRefSeq的第二个板块是Refere
ceassembly它下面显示的是Ge
omic点击Ge
omic下面Refere
ceassembly对应的Ge
ba
k或FASTA即可出现编码的DNA序列注意只是编码序列其中包括内含子但一般没有5‘非编码区。一步就不做贴图演示了吧
这样我们就可以找到基因的cDNA序列、连续的编码mRNA序列、蛋白序列以及含有内含子的编码DNA序列了。相信这些操作对很多战友还是有用的。
友情提示在NCBI里打开的每一个页面都会给我们提供大量的信息大家不妨好好看看可能会有令我们惊喜的收获
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STS序列标签位点Seque
ceTaggedSite一段短的DNA序列200500个碱基对这种序列在染色体上只出现一次其位置和碱基顺序都是已知的。在PCR反应中可以检测处STS来STS适宜于作为人类基因组的一种地标据此可以判定DNA的方向和特定序列的相对位置。以上内容基本是STS的定义我主张活学活用下面就介绍一下我个人用STS数据库查找引物的一点经验。还是使用人的IL6基因为例
1打开NCBI主页在Search后面的下拉菜单选择U
iSTS在FOR后面填写目的基因。
操作完毕如图所示
f这是你会发现NCBI又提供了很多序列下面我们还是要初步筛选我们需要的序列。
f2根据物种、目的引物所在染色体的位置等选择相应序列可能不只一个点击。下面以点击第一个进入的画面为例。
你会发现这个页面直接就给出了引物序列PCR之后的片段长度也是r