对各地税务机关如何认定企业工资、薪金的合理性，给出了五项指导性原则，具体操作由各地税务机关根据当地的社会与经济发展水平和不同企业的情况区别把握、合理裁量，并且要考虑当地同行业职工平均工资水平。企业则必须建立健全内部工资、薪金管理制度，其所发放工资要相对固定，每次工资调整都要有案可查、有章可循；尤其要注意，每一笔工资、薪金支出，是否及时、足额扣缴了个人所得税等。
国企工资、薪金总额不得超标
国税函20093号文件规定，《实施条例》第四十、四十一、四十二条所称的“工资、薪金总额”，是指企业按照本通知第一条规定实际发放的工资、薪金总和，不包括企业的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及养老保险费、医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和住房公积
f金。属于国有性质的企业，其工资、薪金，不得超过政府有关部门给予的限定数额；超过部分，不得计入企业工资、薪金总额，也不得在计算企业应纳税所得额时扣除。
上述政策说明，实施条例及国税函20093号文件对工资、薪金扣除都强调实际发放，其范围也仅指工资、薪金，也就是说工资、薪金总额必须是实际发放，而且实际发放的工资、薪金总和，不包括通常所说的“三费、五险、一金”，与新企业会计准则所规范的“职工薪酬”范围明显不同。企业在计算所得税工资、薪金总额时，务必至少把握下面几个事项内容：一是实际工资、薪金总额是计算税法规定的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及其他相关指标税前扣除限额的基本依据。企业应当通过“应付工资”或者“应付职工薪酬工资”科目对工资、薪金总额进行单独核算；二是不合理的工资、薪金即使实际发放也不得扣除，如国有性质的企业超过政府有关部门给予的限定数额部分的工资、薪金，不得扣除；三是超标的工资、薪金本身不得包括在所得税税前扣除的“工资、薪金总额”之中，因此也不能将其作为计算职工福利费、职工教育经费、工会经费等税前扣除限额的依据。
职工福利费范围更详细
《企业所得税法实施条例》第四十条规定，企业发生的职工福利费支出，不超过工资、薪金总额14的部分，准予扣除。国税函20093号文件第三条明确，《实施条例》第四十条规定的企业职工福利费，包括以下内容：1尚未实行分离办社会职能的企业，其内设福利部门所发生的设备、设施和人员费用，包括职工食堂、职工浴室、理发室、医务所、托儿所、疗养院等集体福利部门的设备、设施及维修保养费用和福利部门r