的模板DNA浓度为3050
g,不到1纳克的基因组DNA序列就足以用来进行PCR分析,甚至用1个DNA分子就能扩增出特定的DNA序列。
A变性;B退火;C延伸
图1PCR原理(摘自邓小红等2007)
22引物引物是PCR特异性反应的关键,PCR引物是一段与待扩增DNA序列互补的寡核苷酸
片段,长度大多为1030个碱基。一般情况下,一对引物包含5,端与正义链互补的寡核苷酸片段和3,端与反义链互补的寡核苷酸片段,这两个寡核苷酸片段在模板DNA上的结合位置之间的距离决定PCR扩增片段的长度。PCR反应成功的关键是设计最佳的引物。引物设计的先决条件是与引物结合的靶DNA序列必须是已知的,设计引物时尽可能的选择碱基随机分布的序列,尽量避免多嘌呤、多聚嘧啶或其他异常序列。避免引物自身形成发夹结构等二级结构,尤其是两个引物之间不应存在互补序列,尤其是在引物的3,末端,即使无法避免,其3,端的互补碱基也不能多于2个,以减少“引物二聚体”的形成。否则会影
f响靶DNA序列的扩增。在合成新链时,DNA聚合酶将单核苷酸添加到引物的3,末端,因此引物3,端的56个碱基与靶DNA片段的配对必须精确、严格。两个引物中GC碱基对的百分比GC应尽量相似,若待扩增序列中GC含量已知时,引物的GC含量则应与其类似。一般情况下,设计引物时,GC碱基对含量以4060为佳,解链温度melti
gtemperatureTm应高于55℃。23DNA聚合酶
最初的DNA聚合酶是从大肠杆菌中提取得到的DNA聚合酶I的Kle
ow片段。该片段具有DNA聚合酶活性和3,5,的外切核酸酶活性,能识别和消除错配的引物末端,以校正复制过程中错配的核苷酸。但是它有一个缺点,即Kle
ow片段对热很敏感,DNA的变性温度就可以使酶失去活性,因此在PCR的变性步骤之后都必须重新添加聚合酶,否则实验无法继续进行,这样增加了PCR操作的繁琐程度,而且反应效率低,成本增加。后来,在美国黄石国家公园的温泉中发现了嗜热菌水生栖热菌ThermusaquaticsTaq,从中分离提取出了一种DNA聚合酶。由于这些聚合酶具有95℃以上的耐热性,只要在PCR反应开始时加一次聚合酶,就能在整个PCR循环中保持酶活性,大大简化了PCR操作程序,提高了PCR扩增效率,从而使PCR技术得到了进一步完善。目前,TaqDNA聚合酶在PCR反应中广为应用。24dNTPs
dNTPsdATP、dCTP、dGTP和dTTP是PCR反应中靶DNA序列扩增的原料。dNTP在温度较高时容易失活,因此需要在20℃下冰冻保存,以保证dNTP的质量。在PCR反应中,dNTP浓度以50200molL为宜,但r