科研管理制度在大部分学校基本是空白。近年来，随着学校的发展，领导层以及教职工对科研工作重要性认识的提升以及科研自身发展的强烈需求，各校加大了科研管理制度建设的力度，科研管理制度逐步建立完善。据笔者2010年对全国范围内抽样选取的40所高职院校的调查显示，40所学校均建立了关于课题管理和科研成果奖励的相关制度，部分学校还建立了科研工作量化计分、学术交流活动管理、科研机构管理、科研档案管理、学术道德规范等制度，尽管这些制度的科学性、有效性还有待提高，学校与学校之间还有差距，但毕竟全面实现了科研管理制度从无到有，这标志着高职院校科研管理工作朝着规范化、科学化迈进了一大步。
科研管理队伍不断壮大，管理手段不断更新21世纪初，多数高职院校科研管理队伍基本未建立，专职科研管理人员多则1～2人，少则为0，其人员素质普遍不高，管理手段原始、单一。近年来，随着高职教育的发展，各高职院校对科研工作重要性、紧迫性的认识提升，伴随着科研管理机构的逐步健全，科研管理队伍不断壮大，无论从数量上，还是质量上都发生了很大变化。据笔者2010年对全国范围内抽样选取的40所高职院校的调查显示，40所学校均有专职科研管理人员，3人以上的达80，部分学院达到8人以上；有的学校还在二级院系配备了专职科研管理人员，如科研干事、科研秘书等；与此同时，科研管理人员的素质也有较大提升，呈现出年轻化、专业化的趋势。随着科研管理人员数量的增加与素质提升，科研管理手段正向多样化、现代化迈进。据本次调查显示，90的学院有专门的科研网页，设立了相关栏目，教职工可直接从网上获取科研信息，下载相关资料，了解相关制度与办事要求。部分学校建立了科研管理系统，实现在线调查、在线课题申报与评审、在线成果申报与统计，大大提高了科研管理效率，科研管理水平上了新台阶。
科研整体水平大幅提升多数高职院校是由中专合并升格而来。建院之初，普遍存在科研意识淡漠、科研氛围不浓、科研能力偏弱等问题。2005年以前，不少学校课题研究是空白，科研成果是空白，教师发表论文寥寥无几，科研整体水平与高等教育的要求相距甚远。近年来，随着高职教育的快速发展，各高职院校对科研工作重要性、紧迫性认识提高，伴随着建立健全科研管理机构与科研管理制度，教职工的科研意识不断增强，学院科研氛围日渐浓厚，整体科研水平大幅提升。据笔者2010年对全国范围内抽样选取的40所高职院校的调查显示，100的学校具有r