征管制度发展至今已经形成体系，特别是针对增值税专用发票，国家税务总局的管控一直很严格，有专用的开票系统、验证系统、发票电子信息卡（税控卡），对发票的申领、开具时间、抵扣都有明确的规定，目的就是全程监控发票的流向。在这样严格的管控下，为何虚开增值税专用发票犯罪仍然猖獗，不能不深究原因。
（一）对公司的监管缺位
为大力发展经济，我国一再放宽设立中小公司的条件，以登记制度为主，审查流于形式，注册登记公司找人代办即可，无需法人代表亲自到，公司地址不符或者虚假的也比比皆是，这让犯罪分子轻易的迈出犯罪预备的第一步，成立空壳公司。
（二）税收审查缺力
增值税发票的管控制度限于发票的认领、验证和抵扣，并不能审查到公司的实际运营情况，空壳公司同样可以申请设备开具发票。税务机关多是通过实地调取公司账本进行审查才发现问题，而每个税务机关管辖众多企业，人员有限难以全面顾及，不能及时发现问题并处理。
（三）侦查思维僵化
上面提到增值税专用发票案件“三流”一致的特征，公安机关在侦查该类案件时多以此为定案依据，特别是认为存在资金回流就可以证明无真实交易，从而定案。资金回流只是一个辅助作用，并不能直接排除犯罪嫌疑人的各种辩解，证明双方无真实交易，也无法由此认定开票公司法人代表就是虚开者。因此，资金回流必须与其他罪证关联运用，而不能单独作为定罪证据。
（四）法律体系不完善
一方面是关于税收的法律法规不健全，相关法律文件偏少、法律位阶较低、各地解读不一致、规定较为混乱，导致各地税务机关在实际征收、处罚中的差异；另一方面是有关增值税专用发票罪的法律及解释的滞后且模糊，难以适应新的税收情况及犯罪变化，给犯罪的认定和审判带来困难。
三、如何有力打击虚开增值税专用发票刑事犯罪
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虚开增值税专用发票罪案的迅速发展、难以根除是一个长期发展的结果，对其的防范和打击也需要行政机关及公检法各部门的全面配合，形成一套完整的打防网络，才能从根本上清理此类犯罪滋生的土壤，保障国家税收安全。
（一）在不打击创业者激情的前提下，改进企业设立审查程序，事后适当追踪审查
法人代表和股东要亲自办理各项手续，工商部门应在一定期限内对到注册地址走访审查，确保登记人与实际经营人一致，发现信息不符或责令整改或注销登记。同时，要在全国范围内清查空壳公司，压缩其作为犯罪载体的生存空间，并推进信用管理制度，建立企业信用等级制度r