蛋白质动力学的高端的高效的工具。GROMACS是遵守GNU许可的免费软件，可以从以下站点下载：httpwwwgromacsorg，并且可以在li
ux和Wi
dows上使用。
在本教程中，将研究一个从漏斗形蜘蛛的毒液中分离的毒素。我们将使用显性溶剂动力学的方法来进行研究。首先比较真空中和溶解的模型。我们将把毒素肽溶在水盒子里，紧接着用牛顿运动定律加以平衡。我们还将比较偿离子在显性溶剂动力学中的影响。更全面的用法指导请参考官网的GROMACS用户手册httpwwwgromacsorg注意：在本教程中，将要生成的gromacs（gro）结构文件，可以用VMD（下httpwwwksuiuceduResearchvmd）查看。
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f一Gromacs基本模拟流程
1下载pdb文件
1OMBpdbhttpwwwrcsborgpdb
2用pdb2gmx处理pdb文件
pdb2gmxig
hffG43a1f1OMBpdbofwspdbpfwstopwaterspce
pdb2gmx此命令将pdb文件转换成gromacs文件并产生拓扑文件。
ig
h因为本pdb文件是由NMR产生的，含有氢原子，因此用ig
h选项
忽略文件中的氢原子。
ff
指定力场（G43a1是Gromos96力场，一个通用原子力场）。
f
读入pdb文件，
o
指定一个新产生的pdb文件（也可以是其它多种类型文件）的文件名。
p
指定新产生的拓扑文件名。拓扑文件包含了所有力场参数（基于一开
始选择的力场），因此非常重要。
water来指定水模型研究表明SPCE水模型在水盒子模拟中表现最好。用
SPCE水模型研究长程静电相互作用较好。
注：对于下面将要用到的任何命令，都可以使用“h”查看该命令的使用方法，
比如，对于命令pdb2gmx可以使用：pdb2gmxh
3建立盒子
editco
fbtcubicffwspdbofwspdbd09
用上面的命令建立了一个简单的立方体盒子
d
决定了盒子的尺寸，即盒子边缘距离分子边缘09
m（9）。理论上
在绝大多数系统中，d都不能小于085
m。
注：editco
f也可以用来进行gromacs文件（gro）和pdb文件（pdb）的相互转化。例如：editco
fffilegroofilepdb则将filegro转换为filepdb
现在就可以用产生的文件进行真空模拟了。真空模拟就是先能量最小化，然后进行动态模拟。
4在盒子中放入溶剂
3
fge
boxcpfwspdbcsspc216groofws_b4empdbpfwstopge
box命令在editco
f产生的盒子基础上生成水盒子。上面的命令行指定了SPC水盒子。ge
box命令可以在给定尺寸的盒子中加入正确数目的水分子。
5设置能量最小化
emmdp文件：Gromacs用mdp文件指定所有计算的参数。它用最速下降法消除原子位置碰撞。编辑文件，将
steps变成400。如果最小化不能收敛，就用
steps500再做一次。（最小化在r