GROMACS教程
一Gromacs基本模拟流程31下载pdb文件32用pdb2gmx处理pdb文件33建立盒子35设置能量最小化46用grompp程序进行文件处理67使用ge
io
和tpr文件添加离子68用fws_io
pdb来产生能量最小化的输入文件69在后台运行能量最小化（在命令后加）7
二设置位置限制性动力学模拟7三设置非限制性动力学模拟9
1如何重启一个计算112如何延长一个计算113如何设置并行计算11五模拟结果分析121如何将特定帧的轨迹保存成pdb文件122用
gmx观察轨迹文件（也可以用VMD观察轨迹文件123比较常用的分析工具14
33g_covar计算斜方差1634g_e
ergy能量数据作图，如压力、体积、密度等1635g_gyrate测量回旋半径1736g_rms与g_rmsdist计算结构的RMSD值1737g_rmsf计算原子位置的根均方波动（rmsf）1838do_dssp计算模型的二级结构2039g_hbo
d计算模拟过程中分子间的氢键的数目、距离或角度21310g_saltbr分析模拟中残基间的盐桥21
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fGROMACS是一个使用经典分子动力学理论研究r