责定位是参与决策还是领导决策的问题上，529的人认为是参与决策，但是也有471的人认为院（系）党组织的职责在于领导决策。教学科研作为高校的重要职能，再加之量化明确的考研考核制度，是二级学院的“硬指标”，普遍受到广泛重视。而相应的思想政治工作更多是一种“软任务”，常常被忽视或重视不够，从而导致“党只管党”的职能单一现象或“寓党于政”的职能收缩现象。同时，某些院（系）党组织把“政治责任”与“政治核心”理解为“领导责任”和“领导核心”，过分夸大了院（系）党组织政治核心的内涵，造成党组织包揽院（系）大小事务、职能放大的局面。
（三）在自身的职责履行上，院（系）党组织及党务干部的自身发展面临困境。在院（系）党组织建设存在的问题中，60的认为院（系）党组织的基层动员能力有限，支部功能弱化，对优秀教师的吸引力不足；468的认为党组织履职能力欠缺，党建工作多停留在精神层面，服务职能尚未健全，879的受访者认为院（系）党组织政治核心作用的发挥应该在“服务群众”这一点上重点加强。可见，党组织的发展往往受限于人才队伍的建设和支持体系的完善。从队伍建设的角度看，院（系）党务干部与思政工作者普遍缺乏对党建工作的高度积极性与创新能力，兼职从事教学科研工作的党组织负责人又对党建工作投入的精力不够。在支持体系上，党员教师对担任党支部书记的积极性不高，支部功能弱化，严重导致党组织的人员配备不足。
（四）在民主集中上，党政联席会议的议事规则与具体落实尚不到位。在对院（系）党政联席会议制度运行的调查上，865的认为运行良好，议事决策程序规范；但也有重行政轻党建、议事程序不规范的现象存在。在议事范畴上把握不清晰。有的表现在什么事情都要管，导致党政联席会议变成了工作通气会，耗费时间和精力；还有的应该上党政联席会议讨论的重大事情，却没有经过讨论或没有形成最终决议，从而失去了民主集中的意义。在决策程序上不规范。党政联席会议的议题从哪挖掘发现、由谁提出，上会之前调研是否充分；参会、列席人员的确定，会议有效的人数、表决的顺序、议而不决的后续事项如何落实等，规定并不明确，大大影响了党政联席会议在制度约束上的作用发挥。考评与监督尚不到位。学校党委层面，对院（系）党政联席会议制度的执行情况，应进行严格的考评与监督。党政联席会议作为院（系）策的最高机构，教工代表、工会等也没有监督的渠道和途径，导致会议不能正常召开或决策不科r