微生物发酵工程案例教学
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RTPCR为基础的TRFLP应用于乳品发酵中新陈代谢活性细菌的半定量分析
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e21September2005
（杨明翻译）
摘要：一种包括RTPCR扩增全部微生物群落的16SrRNA和TRFLP的方法，对于在确定
的乳酸乳球菌乳酸亚种和柠檬明串珠菌菌株培养中半定量的描述新陈代谢活性数量是最优的，这是两种在奶酪生产中被通常使用的嗜温的乳酸菌种。选择好的PCR引物高效地扩增这两个菌种的16SrRNA。用DdeI消化PCR产物生产每种菌种的不同的末端限制性酶切片段。然而，由于嵌合分子的形成和来源于部分单链16SrRNA的扩增子的假TRFs产（TRFs）生的额外的TRFs在两个菌种中都被观察到了，尽管是很少量的。为了避免过量PCR产物对定量DNA产生的饱和效果导致的对总量的低估和尽量减少假片段的出现，20个PCR循环是最佳的。当应用于混合乳品培养时，TRFLP分析表现出很好的可重复性。用这种方法和结果研究包括乳酸乳球菌乳酸亚种菌株和柠檬明串珠菌菌株的两种混合初始物的动力学，并和用纯培养获得的做对比。这些数据显示了用TRFLP进行半定量微生物数量分析的适宜性。某些微小的差别可以用菌落计数不能被检测到的新陈代谢活性细胞的出现来解释。以RTPCR为基础的TRFLP可以作为传统方法之外的另外一种选择，用于研究相对简单的微生物（比如确定乳品起始物的培养物）生态系统的新陈代谢活性的群体动力学。
关键词：乳品初始物；RTPCR；半定量；TRFLP
1．前言几种奶酪生产中常用的初始培养物通常包括成酸性的乳球菌，和一些通常属于乳酸乳球菌乳酸亚种、二丁酮链球菌和明串珠菌属某些种的利用柠檬酸盐的菌株。这些培养菌对于器官感觉的特征的发展是非常重要的（Carcobaetal2000）。确定的菌株的初始物已经被奶酪制造商日益增多地采用，作为一种尝试来解决与未受控制的自然发酵相关的问题。这对于奶酪的质量有积极的效果。因为整个发酵过程中菌株的平衡是一个关键点，所以需要监控任何
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对细菌群落结构的暂时影响，这些影响可能改变想得到的奶酪的特性的正确过程。（Giraffa2004）培养作为一种评价食品中微生物群落多样性和动力学的方法已经有几十r