革兰阴性需氧菌及兼性厌氧菌有大肠杆菌。正常状态下，阴道内厌氧菌与需氧菌的比例为5∶1，二者处于动态平衡状态。此外，还有一些病原体，如活动弯曲杆菌、支原体及念珠菌等。
在正常阴道菌群中，乳杆菌占优势。乳杆菌为革兰阳性大杆菌，微需氧，但在厌氧环境下生长更好，最适生长温度为35～38℃，每克阴道分泌物含有107～108CFU乳杆菌。健康妇女阴道内可分离出20多种乳杆菌。阴道内正常存在的乳杆菌对维持阴道正常菌群起着关键的作用。阴道鳞状上皮细胞内的糖原经乳杆菌的作用，分解成乳酸，使阴道局部形成弱酸
f性环境（pH≤45多在38～44），可以抑制其他寄生菌的过度生长。此外，乳杆菌通过替代、竞争排斥机制阻止致病微生物粘附于阴道上皮细胞。同时分泌过氧化氢、细菌素、类细菌素和生物表面活性剂等抑制致病微生物生长，从而维持阴道微生态环境的平衡。
宿主和菌群间、菌群与菌群间的相互作用宿主和菌群之间及菌群与菌群之间保持着一种协调、平衡的状态。雌激素水平、月经、妊娠和年龄等因素，会使阴道微生物群随之发生一些改变，它们在生理范围内波动，有利于宿主适应环境。月经开始后需氧菌和兼性厌氧菌的活菌数不断减少，直至比下次月经前约少100倍，而专性厌氧菌却始终保持不变。随着年龄的增加、衰老的出现，阴道的酸性环境被破坏，使白色假丝酵母菌、棒状杆菌和乳杆菌减少，相反阴道内B族链球菌、金黄色葡萄球菌和大肠杆菌升高。热点局部免疫
女性生殖道局部免疫系统也属于黏膜免疫系统，其中主要是阴道黏膜对微生物的免疫反应，可分为非特异性免疫和特异性免疫。非特异性免疫主要包括屏障结构、吞噬细胞及细胞因子，特异性免疫包括细胞免疫和体液免疫。
近年来，阴道黏膜免疫已经成为研究的热点，体外实验证实了人阴道上皮细胞是阴道局部免疫系统的重要成员之一，它能分泌许多细胞因子，如TNFα、IL10、IL2和IL8等，它们直接参与阴道的免疫活动。手段阴道微生态评价体系
阴道微生态评价体系常常通过描述阴道菌群的密集度、多样性、优势菌、机体炎性反应和原因菌等形态学等方面并结合阴道pH值、过氧化氢、白细胞酯酶等功能性指标对阴道微生态环境进行全面评价。以上任何一项指标出现异常均可诊断微生态失调。
以往阴道感染诊断和治疗的核心为病原微生物，而对阴道局部的微生态环境平衡并未重视，从而导致一些阴道感染反反复复难以治愈。
微生态评价体系可以快速诊断临床常见的阴道炎症，如细菌性阴道病、外阴阴道假丝酵母r