（大于几千个碱基）；用最大
可能性法分析序列则不需以上的诸多条件，但是此种方法计算极其耗时。如果分析的序列较
多，有可能要花上几天的时间才能计算完毕。
过程如下
①参数的设置：phyloge
y→bootstraptestofphyloge
y→NJ
②系统进化树的测试方法，可以选择用Bootstrap，也可以选择不进行测试。重复
次数Replicatio
s通常设定至少要大于100比较好，随机数种子可以自己随意设定，不会影
响计算结果。一般选择500或1000。有许多Model供选择，默认为Kimura2parameter，
不同的Model有不同的算法，具体请参考专业的生物信息学书籍。设定完成，点compute，
开始计算。
f②结果输出：这个过程所耗时间和序列的数量和长短成正比，程序就会产生这么
一个树，该窗口中有两个属性页，一个是原始树，一个是bootstrap验证过的一致树。树枝
上的数字表示bootstrap验证中该树枝可信度的百分比。结果如下：
f8进化树的优化：
１）利用该软件可得到不同树型，如下图所示：
除此之外，还可以有多种树型，根据需要来选择。
２）显示建树的相关信息：点击图标i。
f３）点击优化图标，可进行各项优化：
Tree栏中，可以进行树型选择：recta
gulartreecircletreeradiatio
tree。每种树
都可以进行长度，宽度或角度等的设定
Bra
ch：可对树枝上的信息进行修改。
fLable：可对树枝的名字进行修改。
fScale：标尺设置
Cutoff：cutoffforco
se
sustree。一般为50。
9、进化树的分类优化
Placerooto
bra
ch：可以来回转换。
fFlipsubtree：180度翻转分枝，名字翻转180度。
Swabsubtree：交换分枝，名字不翻转。
Compressexpa
dsubtree与Setdiverge
ttime：可以把同一分枝的基因压缩或扩
展。
点击Compressexpa
dsubtree后，在要压缩的分枝处点击，出现以下界面，在
amecaptio
中输入文件名（例如wwww），其他还有很多的选项，设置好了，点击OK。
所得到的结果，可以在压缩和扩展之间转换。
f10调整进化树
根据所的进化树的效果，要进行调整，包括多余序列删除、不足序列添加、种属名称
标注等等，还要根据投稿杂志要求在PHOTOSHOP中修改等。完成后的进化树应包含充足
的信息。本人所做进化树完成图如下：
ffr