它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来，
用al
格式（Clustal的输出文件）转换meg文件。点FileCo
verttoMEGAFormat，打开转
换文件对话框，从目的文件夹中选中Clustal对比分析后所产生的al
文件，点击打开。
5转换好的meg文件，会弹出一个提示信息，点击ok。
查看meg序列文件最后是否正常，若存在clustal行，即可删除。点存盘保存meg文件，
meg文件会和al
文件保存在同一个目录。
f6关闭转换窗口，回到主窗口，现在点面板上的“Clickmetoactivateadatafile”打开刚才的
meg文件。
如果为蛋白质序列，选择“protei
seque
ce”，电击“OK”，得到以下图示，数据输入之后
的样子，窗口下面有序列文件名和类型。
而在另外一个窗口内，出现以下数据文件点击选择和编辑数据分类图标，可对所选择
的序列进行编辑，完成后点击close即可。
f序列编辑完成后，可进行保存，点击保存后出现以下界面，点击ok即可。
7构建进化树的算法主要分为两类：独立元素法（discretecharactermethods）和距离依靠法
（dista
cemethods）
。所谓独立元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个碱基氨基酸
的状态决定的（例如：一个序列上可能包含很多的酶切位点，而每个酶切位点的存在与否是
由几个碱基的状态决定的，也就是说一个序列碱基的状态决定着它的酶切位点状态，当多个
序列进行进化树分析时，进化树的拓扑形状也就由这些碱基的状态决定了）。而距离依靠法
是指进化树的拓扑形状由两两序列的进化距离决定的。进化树枝条的长度代表着进化距离。
独立元素法包括最大简约性法（MaximumParsimo
ymethods）和最大可能性法（Maximum
Likelihoodmethods）；距离依靠法包括除权配对法（UPGMAM）和邻位相连法
（Neighborjoi
i
g）
。
f（1）phyloge
y→UPGMA
（2）用Bootstrap构建进化树，MEGA的主要功能就是做Bootstrap验证的进化树分析，
Bootstrap验证是对进化树进行统计验证的一种方法，可以作为进化树可靠性的一个度量。
各种算法虽然不同，但是操作方法基本一致。进化树的构建是一个统计学问题。我们所构建
出来的进化树只是对真实的进化关系的评估或者模拟。如果我们采用了一个适当的方法，那
么所构建的进化树就会接近真实的“进化树”。模拟的进化树需要一种数学方法来对其进行评
估。不同的算法有不同的适用目标。一般来说，最大简约性法适用于符合以下条件的多序列：
i所要比较的序列的碱基差别小，ii对于序列上的每一个碱基有近似相等的变异率，iii没
有过多的颠换转换的倾向，iv所检验的序列的碱基数目较多r