如何用MEGA构建进化树
MEGA31是一个关于序列分析以及比较统计的工具包，其中包括有距离建树法和MP
建树法；可自动或手动进行序列比对，推断进化树，估算分子进化率，进行进化假设测验，
还能联机的Web数据库检索。下载后可直接使用，主要包括几个方面的功能软件：iDNA
和蛋白质序列数据的分析软件。ii序列数据转变成距离数据后，对距离数据分析的软件。iii
对基因频率和连续的元素分析的软件。iv把序列的每个碱基氨基酸独立看待（碱基氨基酸
只有0和1的状态）时，对序列进行分析的软件。v绘制和修改进化树的软件，进行网上
blast搜索。
用MEGA构建进化树有以下步骤：
116SrDNA测序和参考序列选取
从环境中分离到单克隆，去重复后扩增16SrDNA序列并测序，然后与数据库
httpwww
cbi
lm
ihgovblastBlastcgi比对，找到相似度最高的几个序列，确定一下你分
离的细菌大约属于哪个科哪个属，如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就
是Blast到的那个，然后找一到两个同科的，再找一到两个同目的，再找一到两个同纲的细
菌，把序列全部下下来，以FSATA形式整合在TXT文档中，如
TS1
GCAGTCGAACGATGAAGCCCAGCTTGCTGGGTGGATTAGTGGCGAACGGGTGAGTAA
CACGTGGGTGATCTGCCCTGCACTTCGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAATACCG
GATAGGACCTCGGGATGCATGTTCCGGGGTGGAAAGGTTTTCCGGTGCAGGATGGGCC
gi117572706gbEF0281241RhodococcusspAtl2516SribosomalRNAge
epartialseque
ce
CGATTAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAA
GTCGAACGATGAAGCCCAGCTTGCTGGGTGGATTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACAC
GTGGGTGATCTGCCCTGCACTTCGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAATACCGGAT
TS2
TGCAAGTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTTGCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTG
AGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAA
TACCGGATAACATTTTGAACTGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACT
gi56383044embAJ8094981Bacilluscereuspartial16SrRNAge
estrai
TMW2383
GATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTTG
CTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGAC
TGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACYGCATGGTTC
…………………………
…………………………
参考序列选择有几个原则：a，不选非培养u
clutured微生物为参比；b，所选参考序列要正
确，里面无错误碱基；c，在保证同属的前提下，优先选择16SrDNA全长测序或全基因组
测序的种；d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择
两个参考序列。
f2序列比对
将整理好的序列导入clustalx183，如图
接着
程序自动运行，得出结果，自动输出al
和d
d为后缀的两个文件。
序列比对也可以直接用MEGA来做。
3打开程序MEGA，如下图所示：
f4MEGA31只能打开meg格式的文件，但是r