恶化问题进行了一系列跟踪采访报道；2007年7月，国家环保总局对该区域实施了3个月流域限批，暂停除污染防治和循环经济类以外所有建设项目的环境审批，并有针对性地提出了7条整改措施。
2009年8月，为落实中共中央政治局常委、全国政协主席贾庆林主席关于人民政协要为加快民族地区经济社会发展和生态文明建设积极参政议政的重要指示，全国政协人口资源环境委员会组成了以副主任刘志峰为组长，全国政协常委王光谦、委员李铁军为副组长的“乌梁素海湿地保护与发展专题调研组”，深入内蒙古河套灌区进行实地考察调研，向全国政协提交了“关于将乌梁素海湿地作为加强民族团结的国家重点生态工程项目的调研报告”，贾庆林、国务院副总理李克强分别对该调研报告作了重要批示，要求国家有关部委与内蒙古自治区认真研究并抢救乌梁素海湿地。
为贯彻落实中央领导指示和国家有关部委要求，巴彦淖尔市政府组织有关部门和研究单位启动了《乌梁素海综合治理规划》（简称“综合治理规划”）的编制工作。2010年7月份，在实地调查的基础上，编制了《综合治理规划》的“编制大纲”，并征求了
f中国国际工程咨询公司、黄委会和部分专家的意见，明确了《综合治理规划》编制的指导思想、基本原则、重点内容。
以中国环境科学研究院为主体的编制小组，承担了文本的编写工作，先后组织了20余位专家，深入实地，调查研究，认真分析各部门和地方提供的资料数据，在消化提炼和论证评估的基础上，数易其稿，完成了规划的起草工作。9月3日，规划的领导小组在呼和浩特召开了内蒙古自治区相关厅局的座谈会，与会领导对本规划的具体内容给予了充分肯定，并提出了中肯的意见和建议。根据专家、部门和地方的意见，编制小组又对规划进行了修改和完善。
乌梁素海综合治理是一项复杂的、艰巨的、长期的任务。《综合治理规划》认真总结了中国、瑞典、挪威三国（20022006）研究报告中关于乌梁素海综合治理的研究成果，在收集、处理大量基础资料、数据的基础上，理清了乌梁素海生态的现状和主要问题。《综合治理规划》按照国家建设环境友好型社会以及全面协调和可持续发展的要求，以科学发展观为指导，遵循人与自然和谐相处和维持黄河健康生命的发展理念，分析查找导致乌梁素海水生态系统恶化的主要因素，提出了以构建和谐乌梁素海生态系统为治理规划的目标，拟通过分期采取工程和非工程措施，最终达到确保乌梁素海综合治理规划目标的实现。《综合治理规划》坚持高标准、严要r