条件是为了划分后的阿米巴能够成为独立核算组织，需要“有明确的收入，同时能够计算出为获取这些收入而所需的支出”。为了采取独立核算制，必须能够计算收支，为此必须准确地掌握独立组织的收入和支出情况。
第二个条件是“最小单位组织的阿米巴必须是独立完成业务的单位”。换而言之，
f阿米巴必须是作为一项独立业务而成立的、拥有最小限度职能的单位。正因为阿米巴是作为一项独立业务而成立的，所以其领导人才有可能钻研创新，萌生并深刻体会到事业的价值。当然，阿米巴组织也并非分得越细越好。
第三个条件是“能够贯彻公司整体的目标和方针”。即使能够明确计算收支状况并且能够成为一个能够独立完成业务的单位，但如果妨碍了公司方针的实施，就不能把它独立成一个阿米巴。其理由是如果将组织细分成阿米巴后，公司内部的协调机制被分割得支离破碎，那就无法完成公司的使命。
只有满足了以上三个条件，才能让一个阿米巴真正独立。“如何建立阿米巴组织是阿米巴经营模式的开始，也是阿米巴经营模式的完成”这句话并不过分。阿米巴的组织建设是阿米巴经营模式的要点。经营者作为公司的掌舵人，必须对整条船的所有情况一目了然，必须站在经营者的视角编制组织，对各部门的实际情况了如指掌。
那么，把组织进行划分，建立了阿米巴之后，是否就大功告成了呢？事实上绝非如此。阿米巴经营模式的特点是对于经济状况、市场、技术动向、竞争对手等的急剧变化，能够灵活地调整阿米巴组织，迅速作出对应。企业必须根据市场变化和竞争对手的动态，时刻调整组织，建立符合当时情况的最优化组织。所以，划分组织的根本目的是：为了建立让经营者能够全盘掌握业务状况的组织，并能够适应市场竞争要求，而时刻不断地调整组织（分裂与合并）到最佳状况。
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