理能力不足等问题逐渐凸显。
畜禽养殖布局不合理，养殖密集区域水环境污染严重
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在养殖密集区域，畜禽养殖废水排放是区域水环境污染的主因。大量高浓度废水未经完全处理排放，“微容量、重负荷”问题十分突出，部分流域控制单元畜禽养殖污染物排放量贡献超过50。如小东江流域、漠阳江流域、潭江牛湾断面上游流域等区域畜禽养殖业密度大、养殖方式落后、环境管理粗放，养殖业废水排放的氨氮和总磷污染物对流域水质污染贡献占比超过五成。
畜禽养殖场环评执行率低，环境监管能力不到位
据粗略统计，全省规模化养殖场办理环保环评手续比例不足7养殖专业办理环保备案不足30进行雨污分流改造企业不足23，通过竣工环保验收企业仅占全部养殖场3。
面对数量大、分布广的畜禽养殖户，农村畜禽养殖污染环境监管力量薄弱。由于基层环保和农业执法监管人员严重不足，客观上执法力不从心，基层执法难度较大，据数据资料统计分析，广东省大部分养殖大县执法人员人均负责养殖企业超过150家此外，由于受限于基层监管人员数量和技术水平，在推进畜禽养殖场数字化监管方面进度缓慢，时常出现低级错误：如信息填报错误、混乱的情况，造成畜禽养殖污染情况底数不清、现状不明等问题。
地方政府重视不够，畜禽养殖监管部门协调不力
地方政府对畜禽养殖污染防控工作重视程度不够。在中央财政和中央预算内投资畜禽粪污资源化利用整县推进项目申报中，广东省目前只成功申报5个县，与其他养殖大省相比差距较大，主要原因是地方政府未重视对待，没有整合优势力量实施有效推进，与其他省份相比，广东在可研报告编制、县级领导重视程度、整县推动等方面均存在较大差距。各地对《广东省兴办规模化畜禽养殖场指南》等文件的执行力度不足，畜禽养殖场建设及投产过程应包括用地审批、环评审批或备案、环保验收、动物防疫、排污口申报等多个过程，但目前大部分规模养殖场和养殖专业户存在未批先建等问题，给污染防治和监督管理带来困难。
畜禽养殖污染治理设施配套不够，治理效率不高，废弃物资源化利用不足
一是畜禽养殖废弃物处理设施配套不足，过半养殖场的粪污未经处理直接排放。据统计，广东省具备环保配套设施的养殖场占全部畜禽养殖场的362，其中规模化养殖场配备环保设施占全部规模化养殖场的533，整体设施装备配套率与《国务院办公厅关于加快推进畜禽养殖废弃物资源化利用的意见》所要求的“规模养殖场粪污处理设施装备配套率达r