是根据其两端的保守序列设计特异性引物经过PCR扩增后再利用变性或者非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对扩增产物进行分离继而体现不同样本基因组DNA的多态性。
简单重复序列具有较多优点其共显性可区分纯合型与杂合型以及还有灵敏度高、稳定性好以及操作简便等优点。但目前SSR获得的方式参差不齐前提都是要提前知道目的基因的序列信息。
111简单重复区间序列（I
tersimpleseque
cerepeatISSR）ISSR是Zietkiewicz等5于1994年发展起来的一种加锚SSR技术。它的原理是在SSR引物的5′或3′端锚定2个或以上的SSR碱基引起特定位点退火从而提高扩增专一性得到的特异性片段再通过变性或非变性聚丙烯酰胺凝胶进行分离最后根据不同的多态性条带分析多态性。
其优点在于无需提前知道样品基因序列ISSR可为研究者快速高效地提供基因组信息；引物序列相对较长通过提高退火温度进而保证了结果的可靠性；样本DNA质量要求不高且所需量少；引物的通用性广不具种属特异性。但在实际应用中也存在一定缺陷如：稳定的实验体系条件需要探索构建且显性标记亦不能区分纯合型和杂合型。
112表达序列标签（Expressedseque
cetagsESTs）表达序列标签是基于EST数据库或cDNA文库的一种标记技术是一种能快速、高效地揭示基因容量的标记方法由1989年Ve
ter首次提出。
f它能特异地展示出基因某一位点的表达情况能够直接反映出功能基因的生物信息6同时也为地道药用植物的鉴别、开发利用提供了新的候选基因。因此基于ESTs开发的SSR技术（即ESTSSR）是一种稳定、可靠的分子标记技术7可直接用于基因作图8从而指导功能基因的预测。ESTSSR与传统SSR技术相比较无需构建DNA文库而节约了实验成本。而且在功能基因研究方面ESTSSR更接近功能基因组；表达序列标签直接来源于编码序列从而为基因组比较学以及同源基因的研究提供更可靠的途径。但也有不足之处：与SSR相比多态性较低；同时ESTs只代表了基因组DNA的一部分所包含的信息不够全面且现行的一些序列拼接软件也存在一定的局限性分析过程中也可能丢失一些重要的基因组信息。
12扩增片段长度多态性（Amplifiedfragme
tle
gthpolymorphismsAFLP）
AFLP是1992年荷兰科学家Zabeau和Vos发明的一项新专利9。其原理是植物基因组DNA经过限制性内切酶酶切后（通常采用双酶切）与特定的接头相结合而得到带有特定接头的特异性片段这些片段再与PCR引物的3′端识别后进行特异性扩增最后再将扩增产物通过聚丙烯酰氨凝z电泳筛选进而分析r