度开采的情况，导致中下游地区泥沙淤积，不能充分发挥防洪工程的功能。
22水利资源配置不合理
在玛纳斯河流域，地表水资源主要采用上引、下蓄的方式，其中红山咀渠灌溉面积为21万平方百米。而其他几座大中型水库在整个灌区中部，只能控制北部的大部分区域，但是因为受到降水条件和蓄水工程等因素的影响，导致南部灌区经常受旱，影响农区灌溉。因此，为了更好的开发玛纳斯河流域水资源，要对玛纳斯河流域的水利工程进行科学合理的安排和布置，发挥水利工程防洪、灌溉、抗旱、发电的功能，更好的为社会服务。
23流域生态环境存在问题
在玛纳斯河流域，由于身处亚欧大陆内部，距离海洋较远，气候干旱，水域生态环境比较脆弱，对社会经济的发展产生极为不利的影响。从玛纳斯河流域水资源开发现状来说，需要做好水土流失治理，推行退耕还林政策，采用封牧育林的措施，完善流域绿洲生态系统，保护玛纳斯河流域地表径流和地下水资源。还有就是对玛纳斯河可再生的清洁水能资源开发程度不高，不符合可持速经济经济发展的要求。随着农业的发展，在下游的灌区，有的地方甚至出现盐渍化和沙漠化的情况，对农业生产产生了不利影响。
24存在水污染情况
随着玛纳斯河流域农业生产的发展，社会经济的进步，科技水平的提高，城市工业排放的污水和废弃物不断增加，在很大程度上污染了玛纳斯河流域的水源。虽然当地政府采取一些有效的治理措施，但是治理的速度远远跟不上污染的速度。因此，当地政府要结合玛纳斯河流域的特点，针对不同地区的污染情况，采取相应的解决措施，从根本上消除污染源。
3、做好玛纳斯河流域水资源的保护
为了更好的做好玛纳斯河流域水资源开发，要针对开发过程中存在的问题，制定好长远的保护管理计划，提高管理的效率，满足玛纳斯河流域社会经济发展的需要。
31要完善玛纳斯河水利水资源法律法规。为了保证水利水资源有效的管理，国家水利部门要制定完善的法律法规，保证水资源管理的稳定性和连续性，
f为以后水利资源保护提供必要的借鉴和依据。
32要具有明确的水权制度。根据市场经济发展的规律，要实现水资源的优化配置，就要明晰玛纳斯河水资源的使用权，发挥市场的调节作用，提高水资源的利用率。根据当前的法律规定，水资源属于国家所有，采用分级管理的方式，因此，在进行水资源开发过程中，要明确管理权、开发经营权、使用权以及排污权，充分利用经济手段保护我国水资源，不断完善我国水权制度建设。
33要建立完善的水r