多研究对它的产生原因说法不一。
我大概找了一些（1）信风在正常状况下，北半球赤道附近吹东北信风，南半球赤道附近吹东南信风。
f信风带动海水自东向西流动，分别形成北赤道洋流和南赤道暖流。从赤道东太平洋流出的海水，靠下层上升涌流补充，从而使这一地区下层冷水上翻，水温低于四周，形成东西部海温差。但是，一旦东南信风减弱，就会造成太平洋地区的冷水上翻减少或停止，海水温度就升高，形成大范围的海水温度异常增暖。
（2）地球自转速度海水和大气都是附在地球表面的物质它们随地球快速地自西向东旋转在赤道上地球自转的线速度最大达到465ms计算表明由于地球自转速度减慢在±10°的低纬度地区海水可获得05cms的向东相对速度由于这一相对速度系作用于全球低纬度地区的整层海水并且该向东相对速度已达全球海洋平均流速2cms的四分之一因此当地球自转突然减慢时会出现一种“刹车效应”使大气和海水获得一个向东的惯性力正是这个惯性力引起赤道洋流减弱导致东太平洋地区的冷水上翻作用减弱以致出现厄尔尼诺现象。（3）海底火山喷发和热液活动引发厄尔尼诺现象。在赤道东太平洋中脊附近有时有强烈地热释放当强烈地热释放时使这一海域表层水温升高并由此引起地面风场变化从而引发厄尔尼诺现象同时海底火山带有毒气故大量海洋生物死亡。一般的厄尔尼诺现象之所以在厄瓜多尔和秘鲁西边海域开始增温是由于这里有一个加拉帕戈斯断裂谷与太平洋中脊裂谷交汇构成的加拉帕戈斯三合点。另外加拉帕戈斯断裂东段还有一个有名的拉帕戈斯热点。上述地质结构形成了地热释放的特殊窗口。特别是赤道东太平洋中脊扩展速度为全球之冠因而这里火山活动和热液喷出剧烈。故一般的厄尔尼诺现象先由这个地区开始。（4）太阳活动1989年国家海洋局张房文指出厄尔尼诺现象大都发生在太阳活动峰年或谷年前后广数发生在降落阶段。事实的确如此，1981～1994年发生的3次厄尔尼诺事件均出现在太阳黑子活动的50d振荡周期的谷值时期计算表明在太阳黑子活动11a周期的谷年前后地球上各纬度带的年平均温度都是正距平即此时太阳辐射达到最大值在太阳黑子活动11a周期的峰年前后太阳辐射达到最小值太阳辐射是气候形成的决定性因子所以太阳辐射的异常变化必将引起气候的异常变化，从而引起厄尔尼诺现象。（5）火山爆发陆地上强烈的火山爆发可形成全球性的尘幔这些尘幔在高层大气中能停留数年之久它们强烈地反射和散r