直到19世纪中期，以法国的巴斯德和德国的柯赫为代表的科学家才将微生物的研究从形态描述推进到生理学研究阶段，揭露了微生物是造成腐败发酵和人畜疾病的原因，并建立了分离、培养、接种和灭菌等一系列独特的微生物技术，从而奠定了微生物学的基础，同时开辟了医学和工业微生物学等分支学科。19世纪中期到20世纪初，微生物研究作为一门独立的学科已经形成；并进行着自身的发展，其研究的主要内容是感染疾病的因子、免疫、寻找新的化学治疗药物以及微生物代谢等。20世纪40年代一直到现在，随着生物学的发展，许多生物学难以解决的理论和技术问题十分突出，特别是遗传学上的争论问题，使得微生物这样一种简单而又具完整生命活动的小生物成了生物学研究的“明星”。微生物学很快与生物学主流汇合、交叉，并进一步与迅速发展起来的分子生物学理论和技术以及其他学科汇合，使微生物学发展成为生命科学领域中一门发展最快、影响最大、体现生命科学发展主流的前沿学科。微生物的应用也获得重大进展，抗生素、有机酸、氨基酸、维生素及酶制剂等的生产已成为现代化的大企业，微生物已广泛用于农、工、医各方面，传统的微生物发酵工业已从多方面发生了质的变化，成为现代生物技术的重要组成部分。4．微生物学在整个生命科学带领下飞速发展的同时，也为生命科学的发展做出了巨大的贡献。例如：生命科学许多重大理论问题的突破，微生物学起了重要甚至关键的作用，特别是对分子遗传学和分子生物学的影响最大，如长期争论而不能得到解决的“遗传物质的基础是什么”的重大理沦问题，只有在以微生物为材料进行研究所获得的结果才无可辩驳地证实；所谓“跳跃基因”可转座因子的发现，虽然首先来源于对玉米的研究，但最终得到证实和公认是由于对大肠杆菌的研究；基因结构的精细分析、重叠基因的发现，最先完成的基因组测序等都与微生物学发展密不可分；通过研究大肠杆菌诱导酶的形成机制而提出的操纵于学说，阐明了基因表达调控的机制，为分子生物学的形成奠定了基础。此外，DNA、RNA、蛋白质的合成机制以及遗传信息传递的“中心法则”的提出等都涉及到微生物学家所做出的卓越贡献。由于微生物学的分离、培养、消毒灭菌及无菌操作等技术的渗透和应用的拓宽及发展，动、植物细胞也可以像微生物一样在平板或三角瓶中培养，可以进行分离、培养，也可以像微生物工业那样，在发酵罐中生产所需产品。今天的转基因动物、转基因植物的转化技术也源于微生物转化r