油，据报道，美国的研究者把4种假单胞菌的基因组入到同一个菌株细胞中，构建了一种有超常降解能力的超级细菌。这种细菌几小时内能“吃掉”浮游中23的烃类，而自然细菌则需要一年多才能消除这些油污烃。
微生物对石油的降解实际是一种生物氧化作用，其主要代谢途径有如下几种：①将石油烃分解为CO2和H2O；②将石油烃转化为生命物质，如氨基酸、脂类等；③将石油烃转化为其他物质，如各种醇、酚等。微生物对石油烃的代谢还需依靠其细胞壁表明的一种由糖脂组成的特殊吸收系统。该系统可以使石油烃类化合物充分乳化，然后被吸收和利用。222土壤农药、化肥污染的微生物修复一种化学物质，不管是短期的还是持久的、迁移的还是稳定的、活性的货非活性的，其环境行为很大程度上都取决于微生物的代谢作用，因此，微生物对农药的降解作用是影响农药在土壤中作用和行为的重要因素。微生物群体在土壤中组成一种生物化学络合系统，这个系统能产生降解大量农药的特殊酶。
微生物能使DDT脱氯变为DDD，也能使DDT脱氯、脱氢变成DDE。DDE对对昆虫和高等动物的毒害性较低，几乎不为环境和生物降解，因而是贮存在组织中的主要残留物。DDD在水中的溶解度比DDT大，而且是高等动物和人体摄入及贮存的DDT最终排泄物。所以DDT被微生物作用后毒性可减低。有机磷农药如马拉硫磷、对硫磷所含的硝基能被微生物还原为毒害较小的氨基。
在土壤中，通过微生物对氮的吸收同化可将无机态氮转化为有机态氮，从而可以避免淋失，其到保肥作用。相反的，有机态氮也可以转化为无机态氮，成为氮的矿化过程。这两种过程通过微生物的作用，是土壤中的氮元素处于动态平衡。223土壤重金属污染的微生物修复重金属污染环境，对人类有严重的毒害作用。汞会损害脑组织，镉在人体中可形成镉硫蛋白，蓄积在肾、肝等内脏中，导致痛痛病。
治理重金属污染常用的修复方法有两种。一种是生物吸附法，真菌、藻类等微生物细胞表面与一些金属络合、配位能力集团，这些基团通过与吸附的金属离子形成离子键或共价键来达到吸附金属的目的，此外金属也可通过沉淀或晶体化作用沉积于细胞表面，某些难溶金属液可被胞外分泌物或胞壁空洞捕获而沉积。另一种是生物积累法生物积累法主要利用微生物的代谢作用，吸收金属离子并运输到细胞内部累积起来，从而达到去污效果。
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f日本已分离出一种抗汞菌，属于假单胞菌属，这种细菌能把甲基汞吸收到胞内，在体内转化为汞元素。大肠杆菌也可将离子汞转化r