给一定比例的奖金，超额完成则又可提一定比例的奖金，在下年度由董事会决议通过。利润超额分成和末位淘汰制度的激励机制给营销精英营造了一个实现人生价值的支点、激发潜能的环境和展示个人才华的舞台，业绩出众者可与公司股东一起分享利润，排名末位者则自然淘汰。
薪酬制度给了新晋经理人一个展现自我能力的机会，也让国企的老员工证明自己并非靠着铁饭碗生活。这样的激励机制，让云南白药这个百年老品牌一下子抖落百年的灰尘，迎接
光亮的未来。
在分公司运营了5年之后，随着云南白药产品的不断增多，原有的队伍不足以顺应市场的拓展，原有的分公司制已经无法支撑云南白药的运营。2006年，在王明辉的指导下，云南白药集团分公司制改为准事业部制，将15家分公司分为健康产品事业部，透皮事业部，
以及药品事业部三大事业部。2007年整合为事业部制，分为以下部门。
业务部门
药
健
海
品
康
外
事
产
业
业
品
务
部
事
部
业
部
省透
原
医皮
生
药事
药
公业
材
司部
事
业
部
f云
云金
南
南殿
白
白日
药
药化
研
大车
究
药间
院
房
每个事业部都有其针对的重点，且每个部门有自己的投入和产出，如药品事业部分为销售一部、销售二部和透皮部，分别负责中央产品、普药特色药系列和透皮产品的销售。原材料药材事业部主要负责原材料的采购。省医药对公司收入有很大的支撑作用，药品事业部和健康产品事业部对公司的利润有很大的支撑。
云南白药的基层组织架构的革新，相当于整个企业的换血行为，在保留企业最好的资源的前提下注入新鲜的血液。王明辉认为，只有在内部改造基本稳定，才可以迎接外部竞争，市场的考验。
资源配置：与邦迪的“创可贴”之战
虽然人们将于外部竞争的这一站名为“创可贴”之战，事实上，这是云南白药捍卫自己原有的小伤口护理市场国内霸主的地位的一战。因为当云南白药把目光锁定在创可贴这一市场的时候，邦迪创可贴已经横扫中国的创可贴市场，并且由于技术的问题，市场上流传着邦迪创可贴不可仿制的说法。除此之外，更为致命的是，在邦迪的全盛时期，邦迪创可贴的构面率非常高，是云南白药的传统明星产品“云南白药散剂”的20多倍。这就撼动了云南白药作为小伤口护理市场的霸主地位。
白药的外用散剂，是当时的主打产品，但是由于散剂的不方便携带，体积稍大，作为药品的成本较高等缺点，随着创可贴这一产品的进入，创可贴使用方法的便捷、使用成本的低廉，对白药形成了巨大冲击。创可贴的售r