而NAS的操作系统是专用的，它只管磁盘IO，算法效率最高。通用文件服务器的CPU当进行IO操作时，系统发生中断，等待IO完成后才能恢复应用运行。在有NAS的系统中，应用程序需要进行磁盘IO操作时，IO操作由NAS完成，在磁盘IO操作中最费时间的是写操作，NAS将写请求先写到NVRAM不掉电内存中，这个动作完成后，应用程序即可恢复运行，所以效率要高得多。磁盘操作慢的根本原因在于磁头臂的查找是机械动作，所以减少磁头臂的移动次数是提高效率的关键。NAS对磁盘的IO操作算法，尤其是写操作，比通用操作系统做了极大的改进，它最大限度地减少了磁头臂的移动次数。其算法保证磁头总是停留在一个可写的位置上，并从这个位置连续写下去。通常的RAID磁盘阵列系统，对于通用操作系统来说是外加的，是额外负担。人们使用RAID是为了得到高可靠性，但这是以牺牲一定的系统效率做前提的。NAS的RAID系统是设计在它的专用操作系统中的，它不仅不是额外负担，相反由于多个磁盘的磁头臂可以同时并行读写，所以IO速度更高了。
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