必须按照国家有关法规，实行综合治理和监督管理，防治水污染。
中线调水的影响
1、调水量较大。年调水量130亿m3左右，约占汉江年均水量的22，对汉江中下游有一定影响，枯水期平均下泄流量略有减少，中水期有所缩短，对各种取水、航运和水环境容量有一定影响，需要通过补偿措施和汉江中下游综合治理开发予以解决。
2、发电量减少。从丹江口水库调水，丹江口水电站的发电量有所减少约减少年电量78亿kwh。
3、占用土地和移民较多，丹江口大坝加高和输水渠沿线需要占用较多的土地和迁移较多的居民，可以通过妥善的土地调整和移民安置解决。
西线调水的影响
1、调水量较大。西线三条调水线总调水量最大为150亿m3左右，调水量对长江干流和三条支流的中下游影响较小。但对各调出点区来说，调出水量的比例很大，需要进一步深入研究。
2、调出区损失部分水能。金沙江、雅砻江、大渡河和长江上游干流是我国西南地区的四大水电基地，西线调水后，四大水电基地将损失部分电能。但调入区黄河上中游水电基地将相应增加部分电能。
3、对漂木的影响。调出区的伐木运输主要依靠河道水力输送，河道建坝调水，木材将改为公路外运。
4、淹没部分草场和造成少量牧民搬迁。西线三条水源河流位于高原地待开发区，人烟稀少，以牧业为主。建坝蓄水，要淹没部分草场和迁移少量牧民，需要做好新草场的开发规划和安置好移民。
综上所述，南水北调工程的不利影响是局部的，通过防范、补偿和综合治理开发措施。其不利影响要尽量减少到最低限度。对于一些现在还难以预测的影响问题，可在今后实践中继续研究解决。
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